[发明专利]水稻低直链淀粉含量基因Wx-mq的分子标记特异性引物及其应用

说明书

本发明公开了水稻低直链淀粉含量基因Wx‑mq的分子标记特异性引物及其应用，该分子标记的上游引物WxF如SEQ ID NO.1所示，下游引物WxR如SEQ ID NO.2所示；扩增产物大小为200 bp。通过本发明提供的水稻低直链淀粉含量基因Wx‑mq的分子标记检测方法可以鉴定水稻品种资源中是否含有隐形纯合的Wx‑mq基因，并能够准确区别Wx‑mq的纯合和杂合基因型，大大提高含Wx‑mq基因水稻品种的选择效率，加快水稻食味品质育种进程。

技术领域

本发明属于农作物分子遗传育种学技术领域，涉及水稻低直链淀粉含量基因Wx-mq的分子标记特异性引物及其应用。

背景技术

水稻是我国第一大粮食作物，也是我国人民的主食。近几年我国水稻产量逐年上升，随着人民生活水平的提高，人们对大米的要求不仅体现在产量上面，对大米的品质，特别是食味品质提出了更高的要求。水稻的食味品质主要包括香味、适口性、米饭粘性、软硬度等；蒸煮品质主要包括直链淀粉含量、胶稠度、糊化温度（碱消值）等。研究表明，稻米中直链淀粉含量高，糊化温度升高，胶稠度降低，使饭质变硬、口感差。因而水稻胚乳中直链淀粉的含量在决定稻米食用品质与蒸煮加工品质上起着重要作用。日本在1991年利用N-甲基-N-亚硝基脲（MNU）处理粳稻品种越光，获得低直链淀粉含量突变体Milky Queen，该突变体的Wx-mq基因编码区发生了两个碱基（GA）的替换，导致其直链淀粉含量降低为9%-12%。中日科学家利用含该基因的水稻资源Milky Queen，培育了一批食味品质优良、直链淀粉偏低的水稻品种，有学者称之为“软米水稻”，例如关东194、南粳9108、南粳46、沪嘉香软等。

分分子标记辅助选择育种（MAS）已经成为水稻育种的一个重要手段，能准确、方便地跟踪目标性状，选择过程不受环境和人为因素的影响。本发明根据低直链淀粉含量基因Wx-mq的突变位点，设计了用于特异检测含Wx-mq基因水稻品种的dCAPS标记，该标记所使用的限制性内切酶Mlu I可以识别Wx-mq等位基因Wx-b扩增片段中的“ACGCGT”位点，将PCR扩增产物酶切为176 bp和24 bp两条带；由于含有纯合隐性Wx-mq基因的“G”位点突变为“A”，因此Mlu I无法酶切此PCR片段。开发的dCAPS标记可以直接区分Wx-mq纯合与杂合基因型，在Wx-mq育种和资源创新过程中，利用此标记选择所需的基因型，减少育种盲目性和田间工作量，对提高我国水稻食味品质育种水平有重大意义。

发明内容

本发明的目的是：提供水稻品种低直链淀粉含量基因Wx-mq的分子检测方法。通过检测Wx-mq基因及其等位基因扩增片段的酶切片段数目及大小，确定Wx-mq基因的杂合与纯合基因型，提高食味品质性状选择效率，加快育种进程。

本发明的目的可通过如下技术方案实现：