[发明专利]一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法

权利要求书

1.一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于以下步骤：

(1)将已获得长链核酸适配体作为候选核酸适配体，分成若干个含有G碱基的段，其中每一个段至少含有一个G碱基；

(2)对第一步得到的若干个含有G碱基的段分别设计互补序列，使得互补序列的3’端的对位有G碱基；

(3)根据核酸适配体与靶标分子的结合能力，设计合适的互补短链的长度，并对互补短链进行荧光素标记；

(4)室温下，将核酸适配体与靶标分子在结合溶液中反应5-30分钟后，加入荧光素标记的互补短链，根据荧光强度判断各个区域对结合的影响，判断结合区域；所述的结合溶液包括溶剂和溶质，其中，溶剂为水；溶质包括NaCl，钙离子或镁离子，Tris-HCl缓冲溶液，表面活性剂；

(5)以与中心结合区域互补的探针为指示，通过截短、分割手段获得能与靶标分子结合的最短核酸序列，作为解析序列；所述的解析序列的长度范围根据候选核酸适配体的不同进行调整。

2.根据权利要求1所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(1)所述的候选核酸适配体为一种序列或多种序列，包括60-100个碱基。

3.根据权利要求1或2所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(3)所述的互补短链长度为8-15个碱基。

4.根据权利要求1或2所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(5)所述的解析序列的长度为14-45个碱基。

5.根据权利要求3所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(5)所述的解析序列的长度为14-45个碱基。

6.根据权利要求1或2或5所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(4)所述的结合溶液中NaCl的浓度为80-200nM；钙离子或者镁离子的浓度为1-30mM；Tris-HCl缓冲溶液的浓度为10-30mM，pH为5-10；表面活性剂为Tween20，其质量分数为0.01％-0.2％。

7.根据权利要求3所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(4)所述的结合溶液中NaCl的浓度为80-200nM；钙离子或者镁离子的浓度为1-30mM；Tris-HCl缓冲溶液的浓度为10-30mM，pH为5-10；表面活性剂为Tween20，其质量分数为0.01％-0.2％。

8.根据权利要求4所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(4)所述的结合溶液中NaCl的浓度为80-200nM；钙离子或者镁离子的浓度为1-30mM；Tris-HCl缓冲溶液的浓度为10-30mM，pH为5-10；表面活性剂为Tween20，其质量分数为0.01％-0.2％。

9.根据权利要求1或2或5或7或8所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(3)所述的靶标为小分子、大分子、细胞及病原体。

10.根据权利要求6所述的一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于，步骤(3)所述的靶标为小分子、大分子、细胞及病原体。