[发明专利]一种水稻抗倒伏基因的SNP标记及其应用

权利要求书

1.一组应用于水稻抗倒伏基因SCM3检测的SNP分子标记的引物组，其特征在于：所述分子标记为K_030531、K_030532和K_030533，其中，K_030531的多态性碱基为C或T，K_030532的多态性碱基为T或C，K_030533的多态性碱基为C或G；

所述K_030531位于水稻参考基因组MSU7.0第3染色体上第28428063位碱基处；所述K_030532位于水稻参考基因组MSU7.0第3染色体上第28428410位碱基处；所述K_030533位于水稻参考基因组MSU7.0第3染色体上第28428721位碱基处；

用于检测所述SNP分子标记的引物组包括，

用于检测分子标记K_030531的引物组，

其特异性引物序列为：

Primer Seq Allele X：TCCTCTGAACCCTACTCGACA

Primer Seq Allele Y：CTCTGAACCCTACTCGACG

通用引物序列为：

TGTATGTTGATGTTGATGAGCT；

用于检测分子标记K_030532的引物组，

其特异性引物序列为：

Primer Seq Allele X：CTTTGCCTTGTATTCTCCTCC

Primer Seq Allele Y：CTTTGCCTTGTATTCTCCTCT

通用引物序列为：

TGGTCATCGATCAGTCATCA；

和用于检测分子标记K_030533的引物组，

其特异性引物序列为：

Primer Seq Allele X：AGGAGTAGAACACACACACAG

Primer Seq Allele Y：AGGAGTAGAACACACACACAC

通用引物序列为：

ACTCCACATGAGCCCATGCT。

2.根据权利要求1所述的分子标记的引物组，其特征在于：特异性引物分别连接不同的荧光接头序列。

3.根据权利要求2所述的分子标记的引物组，其特征在于：所述荧光接头序列为FAM或HEX荧光接头序列。

4.一种水稻抗倒伏基因SCM3的检测方法，检测方法包括如下步骤：

S1、提取水稻样品基因组DNA；

S2、以水稻基因组DNA为模板，采用如权利要求1所述的引物组对K_030531、K_030532、K_030533这三种SNP分子标记进行检测；

S3、若三组引物均只检测到引物Primer Y所对应的碱基，则判断水稻样品为纯和的SCM3基因型，表现为抗倒伏；若三组引物未同时检测到引物Primer Y所对应的碱基，则判断水稻样品为纯和的scm3基因型，表现为非抗倒伏；若三组引物同时检测到Primer X、PrimerY所对应的碱基，则判断水稻样品为杂和的SCM3基因型。

5.根据权利要求4所述的检测方法，其特征在于：S2中，利用如权利要求1所述的引物组进行KASP反应检测，其中，每组引物中不同特异性引物分别连接不同的荧光接头序列。

6.根据权利要求5所述的检测方法，其特征在于：特异性引物5’端连接FAM或HEX荧光接头序列。

7.权利要求1所述的引物组在水稻抗倒伏育种中的应用。

8.一种检测SCM3基因SNP分子标记的试剂盒，所述试剂盒包括如权利要求1所述的引物组。