[发明专利]一种水稻抗倒伏基因的SNP标记及其应用

说明书

本发明提供了一组用于检测水稻抗倒伏基因SCM3的引物组，所述基因SCM3包括三个SNP分子标记，分别为K_030531、K_030532、K_030533，其中，K_030531的多态性碱基为C或T，K_030532的多态性碱基为T或C，K_030533的多态性碱基为C或G。利用所述的分子标记，可以快速、精确的检测SCM3基因，大幅提高基因转育的效率。且检测过程不需要酶切、电泳及测序等，操作简便，利于高通量快速检测，彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染和EB对环境的污染、甲醛对人体的危害。

技术领域：

本发明涉及分子标记领域，具体的，涉及一种水稻抗倒伏基因的SNP分子标记。

背景技术：

近年来随着高产水稻的选育和推广，水稻倒伏成为一种普遍现象。水稻倒伏严重影响水稻的产量、稻米品种，提高收割难度和成本。水稻抗倒伏性状是由数量性状位点(QTL)控制的，目前克隆的抗倒伏基因中真正用于水稻的遗传改良和育种比较少。

传统系谱法育种是近年来最为普遍的水稻育种方法，也因此诞生了大量的高产量优质水稻品种。但是传统的杂交结合表型的选育方法往往因为宏观上表型把握不准而需要加大回交群体，这极大的增加了育种工作量与成本。

如CN105284589A公开了一种抗倒伏水稻品种培育方法，先根据当地水稻施氮水平与种植密度设置致倒逆境并筛选出抗倒资源；利用抗倒资源与其它综合性状优良的材料人工杂交，按系谱选育法，培育出抗倒常规品种、抗倒不育系、抗倒恢复系；用抗倒不育系与抗倒恢复系配制杂交组合，培育出抗倒杂交组合，此技术为传统育种方法，育种效率较低。

近年来兴起的分子标记辅助育种可以从遗传基础上跟踪目标性状，选择含有目标基因的单株进行杂交(回交)，这样不但能准确的进行目标性状方向的育种，而且能减小回交群体的大小，节省成本。

CN106086180A公开了一种水稻抗倒伏主效QTL qSR5.1的分子标记辅助育种方法，利用与抗倒伏主效QTL qSR5.1紧密连锁的分子标记RM5796的引物对和ILP5-11的引物对，对育种群体的各家系DNA进行PCR扩增，如扩增出对应大小的DNA片段，则标志着该家系中抗倒伏主效QTL qSR5.1的存在。本发明采用水稻抗倒伏主效QTL qSR5.1的分子标记方法，该方法是应用筛选到的与水稻抗倒伏品种023S第5号染色体上定位到的抗倒伏主效QTLqSR5.1紧密连锁的2个分子标记，它们能有效预测水稻育种群体中各家系的抗倒伏性，加快抗倒伏品种的选育速度。但是这种分子标记在基因组中出现的频率远低于SNP标记，而且不能实现检测的高通量。

SNP是single nucleotide polymorphism的缩写，是指在基因组上单个核苷酸的变异，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。SNP包括单个碱基的转换或颠换，也包括插入或缺失，在整个基因组上具有高密度性，因此比较容易找到目标基因的SNP。利用目标基因的SNP标记可以在育种过程中进行相关性状的精准选育，也可以将相关的SNP锚定进芯片，在进行全基因组标记选择的同时选择含有此目标基因的个体(单株)。

然而，由于抗倒伏这个性状是由数量性状控制，表型值又不易准确测定，因此目前克隆的主效基因比较少，而真正针对主效基因设计的SNP标记也比较少。关于水稻抗倒伏这一性状的SNP分子标记基本都是根据QTL来设计的，因此这样的SNP标记在实际育种中价值可能较小。

发明内容：

有鉴于此，提出本发明。

根据文献资料将水稻SCM3基因定位在第3染色体上参照日本晴的物理位置：28428504-28430438区间内。

本发明的第一方面，提供了一组应用于水稻抗倒伏基因SCM3检测的SNP分子标记，所述分子标记为K_030531、K_030532、K_030533，其中，K_030531的多态性碱基为C或T，K_030532的多态性碱基为T或C，K_030533的多态性碱基为C或G。