[发明专利]源于一种深渊新物种的线粒体基因组序列

说明书

本发明公开了源于一种深渊新物种的线粒体基因组序列，所述基因组序列如SEQ ID NO:1所示，本发明还提供了获得该基因组序列的方法；通过本发明方法获得的深渊小型端足类线粒体基因组序列是宝贵的深海生物基因资源，其线粒体基因组序列的组成、结构的分析，可对端足类系统发育、种质资源库的扩充及对深渊环境的适应机制奠定重要的分子生物学理论基础。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及源于一种深渊新物种的线粒体基因组序列。

背景技术

线粒体是细胞中进行生物氧化及能量供应的重要细胞器。真核生物的线粒体基因组DNA通常为裸露的共价双链闭合环状分子，由重链和轻链两条链组成。线粒体基因组DNA一般由37个编码基因及非编码的控制区组成，其中编码基因包括：13个疏水蛋白基因、22个tRNA基因及两个rRNA基因。与细胞核基因组DNA相比，线粒体基因组具有分子量小、母系遗传、拷贝数多、重组率低、进化速率快等特点，已广泛应用于系统发育及物种鉴定、遗传学、生物地理学、保护生物学等各领域的研究；同时，对于濒危物种及新物种，线粒体基因组亦是一类重要的基因资源。

海斗深渊是大洋的最深处，其深度范围在6000m-11000m。深渊端足类(Amphipoda)是深渊环境中主要生物群落之一，对高压、低温、寡营养源等极端环境具有良好的适应能力，同时，深渊端足类在深渊生态系统的维持中起到重要作用。端足类在节肢动物门中种类繁多，分类关系复杂，对深渊端足类线粒体基因组的研究有利于了解其分类学地位及解析对深海极端环境的适应机制。目前，针对深渊端足类线粒体基因组的研究非常稀少。仅有的一例则是马里亚纳海沟Hirondellea gigas的线粒体基因组序列。中国科学院深海科学与工程研究所利用自制诱捕装置于马里亚纳海沟，于深度10908m诱捕到体长不足1cm的小型端足类，目前，对于该物种的线粒体基因组研究尚未见报道。

发明内容

针对以上现有技术的不足之处，本发明获得了一种深渊新物种的线粒体基因组序列，并结合深渊端足类Hirondellea gigas及非深渊物种线粒体基因组的比较分析，揭示了深渊端足类线粒体基因组的组成、结构特点，明确了该物种独特的分类学地位，为解析深渊端足类适应深渊极端环境奠定理论基础。

本发明采取的技术方案如下：

源于一种深渊新物种的线粒体基因组序列，所述基因组序列如SEQ ID NO:1所示。

优选的，所述线粒体基因组序列通过以下方法获得：

(1)小型端足类基因组DNA的提取；

(2)获取线粒体基因组DNA中12S rDNA，16S rDNA及COI基因的部分序列：

三个基因各对应一对节肢动物线粒体DNA的通用引物，名称分别为12SF，12SR；16SF，16SR；COIF，COIR；

以小型端足类DNA作为模板，进行PCR反应，对扩增产物进行测序，得到12S rDNA，16S rDNA及COI基三个基因的部分序列；

(3)利用步骤(2)得到的序列，进行长片段PCR反应引物的设计，获得COI至12SrDNA的间隔序列与COI至16S rDNA的间隔序列，引物名称分别为：LCOIF，L12SR及L16SF，LCOIR；以小型端足类DNA作为模板，进行LA-PCR反应，对扩增产物进行测序，实现间隔序列的获得；

(4)对步骤(2)和(3)得到的序列进行拼接。

优选的，所述12SF的序列如SEQ ID NO:2所示，所述12SR的序列如SEQ ID NO:3所示，所述16SF的序列如SEQ ID NO:4所示，所述16SR的序列如SEQ ID NO:5所示，所述COIF的序列如SEQ ID NO:6所示，所述COIR的序列如SEQ ID NO:7所示。