[发明专利]一种基因测序校准参考株的制备

说明书

一种用于医学领域的基因测序校准参考株的制备，其特征在于，具有IgGFc受体的基因突变细胞与具有IgGFab受体的骨髓瘤细胞被IgG连接为结合物；或均具有IgGFab受体的基因突变细胞和骨髓瘤细胞各自被IgG连接后，再被具有IgGFc受体的SPA连接为结合物，继之在聚乙二醇的作用下，或基因突变细胞与骨髓瘤细胞在聚乙二醇的直接作用下，融合为杂交瘤细胞，使突变基因移植瘤细胞而随瘤细胞无限扩增，经目标致病基因的鉴定而制成基因测序校准参考株，用于基因测序的全程质控、质评、校准或替代现有的基因比对数据库进行测序数据及其突变基因的比对，以改良现有的基因测序方法。

技术领域

本发明涉及医学领域的一种基因测序校准参考株的制备，主要应用于DNA基因突变序列检测的误差校正。

背景技术

基因测序(Gene Sequencing)或称DNA测序(DNA Sequencing)，是指分析特定DNA片段的碱基序列。基因测序技术的出现不仅推动了基因组学的研究，而且为复杂疾病的病因学研究也提供了新思路，同时还促进了基因检测在产前诊断、器官移植配型、肿瘤分子诊断和靶向治疗以及药物个体化治疗等方面的应用。基因测序技术已发展至第四代，其中第二代、第三代和第四代测序技术统称为下一代测序(NGS)技术。基因测序原理也相应地经历了Sanger测序法，边合成边测序、单分子测序和纳米孔测序。NGS技术因为通量提高、成本降低和测序周期缩短的优势已被广泛应用于基因组学、转录组学、宏基因组学和表观组学等方面。

1977年Sanger发明的双脱氧链终止法(Sanger测序法)是测序技术的金标准，其测序长度可达1000bp，准确性几乎为100％，但存在通量低、成本高和耗时长的不足，严重影响其大规模应用，为此产生了第二代测序技术。第二代测序技术的核心原理是边合成边测序，其基本步骤包括文库制备、单克隆DNA簇的产生和测序反应。与第一代测序技术相比，第二代测序技术具有以下特点：(1)高通量。第二代测序技术不依赖传统的毛细管电泳，其测序反应在芯片上进行，可对芯片上数百万个点同时测序；(2)成本低。第二代测序技术每Mb碱基成本比Sanger测序法降低96.0％-99.9％；(3)敏感性高。如Roche454测序平台“1个片段＝1个磁珠＝1条读长”的设计能保证对低丰度DNA信息的检测；(4)读长较短。不便于后续数据分析时的拼接；(5)聚合酶链式反应(polymerase chain Reaction，PCR)过程可能引入偏倚和错配。第三代测序技术是在第二代基础上增加读长，降低试剂成本，并且加快运行速度。其显著特点是单分子测序，即不经PCR直接进行边合成边测序，不仅简化了样品处理过程，避免了扩增可能引入的错配，而且不受鸟嘌呤和胞嘧啶或腺嘌呤和胸腺嘧啶含量的影响，因此第三代测序技术能直接对RNA和甲基化DNA序列进行测序。第四代测序技术即纳米孔测序技术，纳米孔测序可用于单核苷酸、ssDNA、dsDNA和RNA测序，同时纳米孔技术还用于DNA、微小RNA、蛋白质、阴离子、阳离子和有机分子的定性与定量。由于DNA分子每个碱基的大小形状不同，DNA分子在电泳驱动下通过纳米微孔组成电路时可引起特征性电流变化，据此可确定DNA分子的碱基类型和排列顺序。但如果DNA分子通过某些种类的纳米孔时速度太快，会难以区分碱基信息和本底噪音，错误率较高。

和其他实验一样，基因测序的实验误差在所难免。在基因测序中，DNA经测序转变为原始数据，原始数据经筛选和拼接等处理转变为可以做遗传分析的具体数据，进而与基因数据库比对，找出突变基因，并分析突变基因的致病性。在基因测序的样本采集、DNA提取、PCR扩增、测序平台、测序试剂、测序深度、数据分析及数据库比对中任一环节均会产生实验误差，特别是在数据分析方面，目前高通量DNA测序数据序列匹配方法很多，但不论何种方法都无法将所有的高通量DNA测序数据通过与参考基因组序列的匹配而映射回基因组，总有部分测序数据因无法与参考基因组序列匹配并映射回其在DNA上的出处而致分析误差。