[发明专利]用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记及其应用

说明书

本发明提供一种用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记及其应用。本发明基于特早熟辣椒自交系B₉₄₃₁和晚熟自交系A₁₄₅构建F₂群体，运用BSR‑Seq(Bulked Segregant RNA‑Seq)技术，快速鉴定控制始花节位的染色体位点，针对该位点特定InDel开发分子标记(SEQ ID NO:4)，利用该分子标记可在苗期快速、准确筛选出始花节位1‑4节的早熟基因型辣椒和始花节位＞4的晚熟基因型辣椒，实现辣椒熟性育种分子标记辅助选择，提高育种选择效率，在辣椒熟性育种中具有重要应用价值。

技术领域

本发明涉及分子标记检测技术，具体地说，涉及一种用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记及其应用。

背景技术

辣椒(Capsicum spp.)是茄科的重要经济作物，在世界各地广泛种植，中国是辣椒的重要生产大国，辣椒是我国主要蔬菜作物之一。辣椒植株为合轴分枝结构，主茎生长到一定时候停止生长，其顶端分生组织转化为花序分生组织，花序分生组织在适宜的内在条件和外在环境(如日照长度和温度)下发育为单生花，开花标志着主茎生长的终止，由侧生分生组织生长发育为新枝，不久新枝又停止生长，继续由新枝顶端的侧生分生组织代替顶端分生组织生长，不断重复形成合轴分枝。

辣椒第一朵花的着生节位称为始花节位，一般以主茎上从子叶到第一朵花之间的真叶(节位)数来度量。始花节位是辣椒的重要熟性性状，是辣椒品种改良的主要目标之一。始花节位低的辣椒品种往往开花坐果早，在春茬种植中能适度规避雨水和病害，降低农药使用量，增加早期产量，在秋茬种植中规避后期低温环境，减少设施栽培能耗，提高产量；始花节位高的辣椒品种开花坐果晚，能避开上市旺季，满足市场多样化需求。

基于始花节位开发辣椒熟性分子标记能进行超早期选择，加快育种进程，对辣椒熟性育种具有重要指导作用。自然变异中辣椒始花节位受少数主效基因和部分微效基因控制，同时也受温度和光照等环境影响，为数量性状，传统的表型选择准确性不高。目前已有的辣椒始花节位分子标记多与目标基因遗传距离远，或在使用上局限性较大。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记及其应用。

为了实现本发明目的，本发明提供的用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记，所述InDel分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。其获得方法如下：

以特早熟辣椒B₉₄₃₁为母本，晚熟辣椒A₁₄₅为父本杂交得到F₁代，F₁植株自交得到F₂群体，种植该F₂群体植株297株，选取其中始花节位极低的早熟辣椒30株，始花节位极高的晚熟辣椒30株，构建早熟总RNA极端混池和晚熟总RNA极端混池，分别进行BSR-seq测序，用SAMtools软件分析得到两个混池的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)位点和InDel(insertion and deletion)位点。分别计算两个混池中各SNPs位点的频率及两个混池中对应SNPs频率的差值(即delta值)，再以3MB为窗口，1MB为步长计算染色体各区域的delta值均值，在该值出现峰值处即为始花节位调控位点。设计引物扩增调控位点候选基因5’UTR序列，针对两亲本中该5’UTR序列中的InDel设计引物获得多态性分子标记。

具有本发明所述InDel分子标记插入片段的纯合基因型对应的辣椒早熟，缺失所述插入片段的纯合基因型或杂合基因型对应的辣椒晚熟。

本发明还提供用于检测所述InDel分子标记的引物，包括正向引物FFN1-5UF5、反向引物FFN1-e1R1和反向引物FFN1-PA-R，引物序列分别如SEQ ID NO:1-3所示。