[发明专利]长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法

权利要求书

1.长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，所述方法用于非诊断目的，其特征在于，包括如下步骤：

（1）设计单链锁核酸探针作为主探针，所述单链锁核酸探针为单链DNA或单链RNA，并且所述单链锁核酸探针与待检测寡聚核苷酸结合的片段上至少具有一个锁核酸单体；

（2）设计RNA副探针作为辅助探针；

（3）将过量的副探针与主探针混合、杂交并检测样本中小片段DNA或小片段RNA含量；

主探针的长度大于或等于副探针与待检测寡聚核苷酸的长度之和；

所述单链锁核酸探针与待检测寡聚核苷酸结合的片段上锁核酸位点数大于或等于1且小于或等于待检测寡聚核苷酸的碱基数；

主探针包括A片段和B片段，A片段的长度与副探针的长度相等，B片段的长度与待检测寡聚核苷酸的长度相等；副探针与A片段的核苷酸序列反向互补，且A片段没有与待检测寡聚核苷酸互补的序列；B片段的长度与待检测寡聚核苷酸的长度相等且反向互补，副探针的一端与待检测寡聚核苷酸的一端形成互补关系；

对主探针和副探针采用不同的标记物进行标记，或者仅对主探针进行标记而对副探针不进行标记，或者仅对副探针进行标记而对主探针不进行标记；

主探针和副探针均不能形成发夹结构；

A片段的长度大于19 个核苷酸单体；

基于电泳技术进行检测的探针设计与检测程序如下：

（1）设计单链锁核酸探针作为主探针，所述单链锁核酸探针为单链DNA或RNA，并且所述单链锁核酸探针与待检测寡聚核苷酸结合的片段上至少具有一个锁核酸单体；

所要检测的小片段DNA或小片段RNA长度为X，第1位为5′端；设计长度为Y+X的单链DNA或RNA作为主探针，Y19；主探针不能形成发夹结构；主探针第1至Y位没有与被检测片段互补的序列，在主探针的第Y+1位至Y+X位，设计Z个锁核酸，1Z X；主探针的第Y+1位至Y+X位与所要检测的小片段DNA或小片段RNA反向互补；

（2）设计RNA副探针作为辅助探针；

设计与主探针第1至Y位核苷酸反向互补的RNA副探针作为辅助探针；副探针不能形成发夹结构；

对主探针和副探针采用不同的标记物进行标记，或者仅对主探针进行标记而对副探针不进行标记，或者仅对副探针进行标记而对主探针不进行标记；

主探针第1位为3′端时：主探针Y位核苷酸与待检测小片段RNA的第1位核苷酸相同，副探针的Y位与被检测小片段的第1位形成互补关系；

主探针第1位为5′端时：主探针第Y位核苷酸与待检测小片段RNA的第X位核苷酸相同，副探针的第Y位与被检测小片段的第X位形成互补关系；

（3）先将过量的副探针与主探针混合，使其形成稳定的局部双链，再与被检测样品孵育杂交，然后根据主探针标记物性质进行检测，确定被检测样品中目标物的丰度；

基于芯片技术进行检测的探针设计与检测程序：

（1）设计单链锁核酸探针作为主探针，所述单链锁核酸探针为单链DNA或RNA，并且所述单链锁核酸探针与待检测寡聚核苷酸结合的片段上至少具有一个锁核酸单体；

所要检测的小片段DNA或小片段RNA长度为X，第1位为5′端；合成长度为10+Y+X+8的单链DNA或单链RNA作为主探针，Y19；

主探针的第1-10位为连接片段，主探针的第10+Y位核苷酸与待检测小片段DNA或小片段RNA的第X位核苷酸相同，主探针的第10+Y+1位至10+Y+X位与待检测小片段DNA或小段RNA反向互补，第10+Y+X+1位核苷酸与待检测小片段DNA或小片段RNA的第1位核苷酸相同；主探针5′端根据芯片载玻片的化学性质进行修饰；主探针不能形成发夹结构，主探针1至Y位不能有与被检测片段互补的序列，在主探针的10+Y+1位至10+Y+X位设计Z个锁核酸，1Z X；

（2）设计RNA副探针作为辅助探针；

设计副探针1作为辅助探针一：设计与主探针11至10+Y位核苷酸反向互补的副探针1作为辅助探针一；

设计副探针2作为辅助探针二：副探针2与主探针的第10+Y+X+1位至10+Y+X+8位反向互补；

用可探测的标记物对副探针2进行记，副探针1和副探针2均不能形成发夹结构；

（3）将过量的副探针与主探针混合，杂交并检测；

将过量副探针1和副探针2与待测样本充分混合，然后按现有技术中的常规芯片检测方法检测。