[发明专利]长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法

说明书

本发明公开长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，包括如下步骤：（1）设计单链锁核酸探针作为主探针，所述单链锁核酸探针为单链DNA或RNA，并且所述单链锁核酸探针与待检测寡聚核苷酸结合的片段上至少具有一个锁核酸；（2）设计RNA副探针作为辅助探针；（3）将过量的副探针与主探针混合、杂交并检测样本中小片段DNA或小片段RNA含量。本发明根据碱基堆积杂交原理设计锁核酸探针，实现了对10个核苷酸以下寡聚核苷酸的定性和定量检测。

长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法

技术领域

本发明涉及生物检测领域。更具体地，涉及长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法。

背景技术

生物体内天然存在片段长度小于或等于10个nt（核苷酸）的寡聚核苷酸（如转录起始时产生的流产性转录本和长片段核苷酸降解后产生的小片段核苷酸）。现有的发现暗示这些小片段核苷酸在体内可能有重要的生物学作用，但对10个及10个以下的小片段核苷酸一直无法进行定性和定量检测。

发明内容

本发明的一个目的在于提供一种根据碱基堆积杂交原理设计锁核酸探针，并加以RNA副探针辅助，从而可以对10个nt（核苷酸）以下寡聚核苷酸检测的方法。

为达到上述目的，本发明采用下述技术方案：

长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，包括如下步骤：

（1）设计单链锁核酸探针作为主探针，所述单链锁核酸探针为单链DNA或单链RNA，并且所述单链锁核酸探针与待检测寡聚核苷酸结合的片段上至少具有一个锁核酸单体；优选的主探针为单链DNA，因为DNA稳定性好，而RNA稳定性差、易降解、不利于长期保存及运输

（2）设计RNA副探针作为辅助探针；

（3）将过量的副探针与主探针混合、杂交并检测样本中小片段DNA或小片段RNA含量。

上述长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，主探针的长度大于或等于副探针与待检测寡聚核苷酸的长度之和。

上述长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，所述单链锁核酸探针与待检测寡聚核苷酸结合的片段上锁核酸位点数大于或等于1且小于或等于待检测寡聚核苷酸的碱基数。

上述长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，主探针包括A片段和B片段，A片段的长度与副探针的长度相等，B片段的长度与待检测寡聚核苷酸的长度相等；副探针与A片段的核苷酸序列反向互补，且A片段没有与待检测寡聚核苷酸互补的序列；B片段的长度与待检测寡聚核苷酸的长度相等且反向互补，副探针的一端与待检测寡聚核苷酸的一端形成互补关系。

上述长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，对主探针和副探针采用不同的标记物进行标记，或者仅对主探针进行标记而对副探针不进行标记，或者仅对副探针进行标记而对主探针不进行标记。

上述长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，主探针和副探针均不能形成发夹结构。

上述长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，A片段的长度大于19个核苷酸单体。

上述长度为4至10个核苷酸单体的寡聚核苷酸的检测方法，基于电泳技术进行检测的探针设计与检测程序如下：

（1）设计单链锁核酸探针作为主探针，所述单链锁核酸探针为单链DNA或RNA，并且所述单链锁核酸探针与待检测寡聚核苷酸结合的片段上至少具有一个锁核酸单体；