[发明专利]一种检测MTRR基因SNP位点基因分型PCR引物和方法

权利要求书

1.一种用于检测MTRR基因rs1801394多态性位点基因分型的PCR引物，其特征在于：所述PCR引物扩增得到的产物含有一个内对照NdeI酶切位点及一个包含rs1801394多态性位点的识别序列；所述的内对照NdeI酶切位点能够被NdeI识别并切割；所述的多态性位点识别序列只有在多态性位点为其中一种碱基的情况下被相同的限制性核酸内切酶所识别切割；所述的内对照NdeI酶切位点与多态性位点之间的距离以其酶切产物能够被区分为准；

所述的PCR引物为：

正向引物F：

5´-CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGGCAAAGGCCATCGCAGAAGACAT-3´，

反向引物R：

5´-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGGGACACTGAGATTCAAGAG-3´；

所述的内对照酶切位点为CATATG；所述的多态性位点的识别序列为CATRTG模式，其中R为多态性位点碱基，R为A、G两种碱基中的任何一种；所述的限制性核酸内切酶为NdeI；

所述的PCR引物对中的正向引物倒数第3位碱基为C，与MTRR基因的第6754位碱基错配，使得MTRR基因第6754～6759位的碱基序列AATRTG在PCR后变为CATRTG；其中R为rs1801394多态性位点碱基，R=A、G两种碱基中的任何一种，当R为A时，该识别序列能够被限制性核酸内切酶NdeI识别并切割，当R为G时，该识别序列不可被限制性核酸内切酶NdeI识别并切割；所述MTRR基因在GenBank上的登录号为NG_008856.1；

PCR引物中的反向引物的靶序列位于MTRR基因第7072～7077位碱基序列CATATG之后。

2.一种检测MTRR基因rs1801394多态性位点基因分型的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1）提取样品的基因组DNA；

2）设计PCR引物：设计如权利要求1所述的PCR引物；

3）利用步骤2）所设计的PCR引物对样品基因组DNA进行PCR扩增；

4）利用特定的限制性核酸内切酶对PCR产物进行酶切；

5）根据酶切产物的电泳图谱确定MTRR基因rs1801394多态性位点的基因型；

所述方法不用于疾病诊断与治疗；

所述的PCR引物为如下序列：

正向引物F：

5´-CCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGGCAAAGGCCATCGCAGAAGACAT-3´；

反向引物R：5´-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGGGACACTGAGATTCAAGAG-3´。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，根据酶切产物的电泳图谱确定rs1801394多态性位点基因型的具体方法为：

用NdeI酶切PCR产物后，样品的基因型依靠363bp、318bp两条特征条带的状况来判断，

当NdeI酶切后所得条带中有318bp条带，没有363bp条带，该样品rs1801394多态性位点的基因型为野生型纯合子AA；

当NdeI酶切后所得条带中没有318bp条带，但是有363bp条带，该样品rs1801394多态性位点的基因型为突变型纯合子GG；

当NdeI酶切后所得条带中既有318bp条带，又有363bp条带时，若363bp条带比318bp条带的亮度高，则为杂合子AG；若363bp条带比318bp条带的亮度浅，则为野生型纯合子AA样品。

4.一种用于检测MTRR基因rs1801394多态性位点基因分型的试剂盒，其特征在于，该试剂盒含有权利要求1所述的引物及对应的限制性核酸内切酶；

所述的限制性核酸内切酶为NdeI内切酶。