[发明专利]一种浒苔种群的线粒体分子标记引物及其应用

说明书

本发明属于藻类分子标记技术领域，具体涉及一种浒苔种群的线粒体分子标记引物及其应用。线粒体分子标记引物，所述引物在鉴别浒苔种群的高分辨率线粒体分子标记(rps2‑trnL基因间隔区序列)中的应用。本发明方法可检测藻体样品，也可对微观繁殖体样品进行检测，比常规方法更可靠实用，进而其对于绿潮灾害研究、浒苔种质鉴定、系统发育、系统地理学研究，以及保护和利用浒苔资源方面都具有重要意义。

技术领域

本发明属于藻类分子标记技术领域，具体涉及一种浒苔种群的线粒体分子标记引物及其应用。

背景技术

浒苔（Ulva prolifera）属于石莼科、石莼属，是潮间带常见的绿藻，在我国广泛分布。近年来，浒苔的爆发性增殖，在我国黄海大面积漂浮引发“绿潮”灾害，为沿岸经济和生态都造成严重的负面影响，引起了社会、媒体、政府和相关学者的广泛关注。目前的研究已经表明，漂浮的浒苔有别于近岸定生浒苔，是一种单一而独特的“漂浮生态型”，因此，漂浮浒苔和定生浒苔的关系是绿潮浒苔溯源的关键，是指导浒苔灾害防控的重要依据。从形态上来说，不同种群浒苔在微观繁殖体阶段没有区别，而在发育成熟期，漂浮型浒苔常常呈黄绿色，中空管状，分支较多，而定生浒苔则随环境不同而具有多变的形态。在分子水平上，目前石莼属研究中常用的分子标记ITS、rbcL和18S的分辨率无法对浒苔种群进行有效区分，而用于进行种下分析的5S spacer分子标记，由于在基因组中存在多拷贝，在操作中也常常不够稳定，无法准确判别不同的浒苔种群。由此可见，开发高分辨率的可靠分子标记，将有利于浒苔灾害的防控。

发明内容

本发明的目的在于提供一种浒苔种群的线粒体分子标记引物及其应用。

为实现上述目的，本发明采用技术方案为：

一种浒苔种群的线粒体分子标记引物，线粒体分子标记引物为：

上游引物序列：5'AAAATCAAAATCTAGTAAACCAGGC3'（SEQ ID 1）

下游引物序列：5'GCTAGCGATTCTTAACGCGATTGGG3’（SEQ ID 2）。

所述引物在鉴别浒苔种群的高分辨率线粒体分子标记（rps2-trnL基因间隔区序列）中的应用。

一种用于鉴别浒苔种群的高分辨率线粒体分子标记方法，

1）以待测样品的DNA为模板，以所述鉴定浒苔种群的引物对作为引物，进行PCR扩增；

2）将上述扩增获得产物经电泳检测，将电泳检测中在500bp左右存在条带（线粒体rps2-trnL基因间隔区）的样品进一步测序分析，进而高分辨率的鉴别浒苔种群。

所述鉴定浒苔种群的引物对为上游引物序列：5'AAAATCAAAATCTAGTAAACCAGGC3'（SEQ ID 1）；

下游引物序列：5'GCTAGCGATTCTTAACGCGATTGGG3’（SEQ ID 2）。

所述PCR体系为：

所述PCR条件为：预变性94℃、5min；94℃变性30s, 52℃退火40s,72℃延伸40s,35个循环；最后72℃延伸10min。

用于鉴别浒苔种群的高分辨率线粒体分子标记方法，将所述扩增产物与浒苔种群标准参考序列（SEQ ID 3-10）进行碱基序列全局对比，截取比对矩阵前后同源性后，使用系统发育软件进行邻接法系统发育分析，根据系统发育树的结果继而实现高分辨率的鉴别浒苔种群。