[发明专利]用于cfDNA建库的接头、引物组、试剂盒和建库方法有效
申请号: | 201810359753.X | 申请日: | 2018-04-20 |
公开(公告)号: | CN108517567B | 公开(公告)日: | 2020-08-11 |
发明(设计)人: | 王春香;张云 | 申请(专利权)人: | 江苏康为世纪生物科技有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12N15/11 |
代理公司: | 北京风雅颂专利代理有限公司 11403 | 代理人: | 张拥;李翔 |
地址: | 225300 江苏省*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 cfdna 接头 引物 试剂盒 方法 | ||
1.一种cfDNA建库的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)将cfDNA进行末端修复,并在cfDNA的3’端添加A碱基;
(2)将经过步骤(1)处理后得到的cfDNA末端连接上含有随机标签序列的接头,得到连接产物,并对连接产物进行磁珠纯化;
所述接头为双链接头,包括顶部接头和底部接头,所述顶部接头的序列为:5’-ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTNNNNNNNNNNNNGCCGCCGCCGCCG*T-3’,其为SEQ ID NO:1所示;所述底部接头的序列为:5’-P-CGGCGGCGGCGGC-3’,其为SEQ ID NO:2所示;其中顶部接头中12个碱基“NNNNNNNNNNNN”为标签序列;
(3)利用通用前引物和特异后引物对上述连接产物进行第一轮扩增,并对第一轮扩增产物进行磁珠纯化;
(4)利用引物P7和P5对磁珠纯化后的第一轮扩增产物进行建库扩增,并对建库扩增产物进行磁珠纯化,得到高通量测序文库。
2.根据权利要求1所述的cfDNA建库的方法,其特征在于,在步骤(3)中,所述通用前引物的序列为:5’-ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’,其为SEQ ID NO:3所示;所述特异后引物的序列为:5’-CAGACGTGTGCTCTTCCGATCTxxxxxxxxxxxxxxxxx-3’,其为SEQ ID NO:4所示。
3.根据权利要求1所述的cfDNA建库的方法,其特征在于,在步骤(4)中,P5引物的序列:5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATC*T-3’,其为SEQ IDNO:5所示;P7引物的序列:5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’,其为SEQ ID NO:6所示。
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