[发明专利]用于cfDNA建库的接头、引物组、试剂盒和建库方法有效

专利信息
申请号: 201810359753.X 申请日: 2018-04-20
公开(公告)号: CN108517567B 公开(公告)日: 2020-08-11
发明(设计)人: 王春香;张云 申请(专利权)人: 江苏康为世纪生物科技有限公司
主分类号: C40B50/06 分类号: C40B50/06;C12N15/11
代理公司: 北京风雅颂专利代理有限公司 11403 代理人: 张拥;李翔
地址: 225300 江苏省*** 国省代码: 江苏;32
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摘要:
搜索关键词: 用于 cfdna 接头 引物 试剂盒 方法
【权利要求书】:

1.一种cfDNA建库的方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)将cfDNA进行末端修复,并在cfDNA的3’端添加A碱基;

(2)将经过步骤(1)处理后得到的cfDNA末端连接上含有随机标签序列的接头,得到连接产物,并对连接产物进行磁珠纯化;

所述接头为双链接头,包括顶部接头和底部接头,所述顶部接头的序列为:5’-ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTNNNNNNNNNNNNGCCGCCGCCGCCG*T-3’,其为SEQ ID NO:1所示;所述底部接头的序列为:5’-P-CGGCGGCGGCGGC-3’,其为SEQ ID NO:2所示;其中顶部接头中12个碱基“NNNNNNNNNNNN”为标签序列;

(3)利用通用前引物和特异后引物对上述连接产物进行第一轮扩增,并对第一轮扩增产物进行磁珠纯化;

(4)利用引物P7和P5对磁珠纯化后的第一轮扩增产物进行建库扩增,并对建库扩增产物进行磁珠纯化,得到高通量测序文库。

2.根据权利要求1所述的cfDNA建库的方法,其特征在于,在步骤(3)中,所述通用前引物的序列为:5’-ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’,其为SEQ ID NO:3所示;所述特异后引物的序列为:5’-CAGACGTGTGCTCTTCCGATCTxxxxxxxxxxxxxxxxx-3’,其为SEQ ID NO:4所示。

3.根据权利要求1所述的cfDNA建库的方法,其特征在于,在步骤(4)中,P5引物的序列:5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATC*T-3’,其为SEQ IDNO:5所示;P7引物的序列:5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’,其为SEQ ID NO:6所示。

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