[发明专利]一种用于副猪嗜血杆菌分子分型的全基因组测序方法在审
| 申请号： | 201810364415.5 | 申请日： | 2018-04-23 |
| 公开（公告）号： | CN108588198A | 公开（公告）日： | 2018-09-28 |
| 发明（设计）人： | 闫鹤;万锈琳;李春玲 | 申请（专利权）人： | 华南理工大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869;C12Q1/689;C12Q1/04;C12R1/21 |
| 代理公司： | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人： | 何淑珍;江裕强 |
| 地址： | 510640 广*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 副猪嗜血杆菌 测序 等位基因 分子分型 看家基因 全基因组 遗传多样性研究 提取基因组DNA 全基因组序列 多序列比对 分型数据库 样品预处理 技术流程 质量检测 菌株 分类 分析 发现 | ||
1.一种用于副猪嗜血杆菌分子分型的全基因组测序方法，包括样品预处理、提取基因组DNA、质量检测与测序、获取看家基因序列、数据分析，其特征在于：获取看家基因序列时不需要设计看家基因引物，用DNAMAN软件对全基因组序列进行比对，得到看家基因序列。
2.如权利要求1所述的一种用于副猪嗜血杆菌分子分型的全基因组测序方法，其特征在于：包括如下步骤：
（1）细菌基因组DNA的提取：按照DNA提取试剂盒说明步骤，提取细菌基因组DNA；
（2）检测与测序：提取的细菌基因组DNA采用质量浓度为1.5%的琼脂糖凝胶进行检测，缓冲液为lxTAE缓冲液、电压为90V的条件下电泳25~30min，染色20~30min，拍照，对基因组DNA进行纯化和全基因组测序；
（3）获取看家基因序列：从副猪嗜血杆菌MLST数据库中下载所有看家基因的序列，采用DNAMAN软件对数据库中副猪嗜血杆菌的7个看家基因的各任取的一个碱基序列与全基因组序列进行序列比对，将对应片段前后各多取50bp，再将这个片段于副猪嗜血杆菌MLST数据库中进行比对，按提示截取，即可获得看家基因；
（4）数据分析：每个基因位点上的特定序列定义为一个等位基因，不同等位基因之间有一个或多个碱基差异；根据每个看家基因中碱基的差异，将每个看家基因不同的等位基因赋予数字代码，这样每个菌株在这个看家基因位点上就获得了相应的等位基因号，每个菌株都获得一个由7对看家基因的等位基因号码组成的数字组合，即不同菌株的序列型。
3.如权利要求2所述的一种用于副猪嗜血杆菌分子分型的全基因组测序方法，其特征在于：菌株的序列型通过在线采用副猪嗜血杆菌MLST数据库进行序列型分析，按照不同菌株的序列型能将2种菌株有效区分。
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