[发明专利]一种无创检测SLC26A4基因突变的方法和试剂盒

权利要求书

1.用于无创检测SLC26A4基因突变的试剂盒，其特征在于，包括Seq ID No.47-88，92-93，97-98所示的引物构成的23对引物的混合物用于同时特异性扩增SLC26A4基因的不同亚目标区域，得到预扩增产物；从而检测SLC26A4基因的变异；还包含用于对所述预扩增产物进行扩增的二次扩增引物，所述二次扩增引物的正反向引物如Seq ID No.99和100所示。

2.权利要求1所述的试剂盒的制备方法，其特征在于，包括合成和/或组装Seq IDNo.47-88，92-93，97-98所示核苷酸序列的引物；还包含合成和/或组装用于对所述预扩增产物进行扩增的二次扩增引物，所述二次扩增引物的正反向引物如Seq ID No.99和100所示。

3.一种非诊断目的的无创检测SLC26A4基因突变的方法，包括步骤如下：

(1)以受试者血浆DNA为模板；

(2)进行PCR预扩增；

(3)对预扩增产物进行Index PCR二次扩增；

(4)对PCR二次扩增产物进行文库质控，然后在Illumina NextSeq进行150bp双端测序；

(5)将测序的序列中连接接头去掉，然后拼接为一条序列得到原始模板序列，将原始模板序列与人类基因组比对，通过比较原始模板序列的UMI分子标签序列，统计出唯一的模板序列集合；利用唯一的模板序列，计算基因组覆盖，用于评估文库特异性；通过计算突变序列与参照序列的比例统计出待测区域体细胞基因突变率；

其特征在于：

预扩增中采用Seq ID No.47-88，92-93，97-98所示的引物构成的23对引物的混合物用于同时特异性扩增SLC26A4基因的不同亚目标区域；从而检测SLC26A4基因变异；

所述待测区域包含1个或几个特定的基因序列区域，所述亚目标区域指一个特定基因中的不同区域的DNA片段；

每一对引物扩增基因中的一个亚目标区域，引物对之间包含的UMI分子标签序列不同，用于保证来源于同一亚目标区域的DNA扩增片段中的UMI分子标签序列相同；而来源于不同亚目标区域的DNA扩增片段之间的UMI分子标签序列彼此不相同；

在所述Index PCR二次扩增中，采用Seq ID No.99和100所示的正反向引物。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：在进行所述Index PCR扩增之前，对PCR预扩增所得DNA进行磁珠纯化。

5.根据权利要求3或4所述的方法，其特征在于：在进行所述Index PCR扩增之后，对扩增所得DNA进行磁珠纯化。