[发明专利]一种无创检测SLC26A4基因突变的方法和试剂盒

说明书

本发明涉及一种无创检测SLC26A4基因突变的方法，试剂盒及其制备方法，其特征在于，包括步骤如下：(1)以受试者血浆DNA为模板；(2)进行PCR预扩增；(3)对预扩增产物进行Index PCR扩增；(4)对PCR扩展产物进行文库质控后，在Illumina NextSeq进行150bp双端测序；(5)将测序的序列信息进行生物信息学分析得出基因变异数据。本发明还涉及有关的试剂盒。

技术领域

本发明涉及基因诊断领域，尤其涉及一种无创检测SLC26A4基因突变的方法和试剂 盒。

背景技术

基因突变的检测对于可用于鉴别待测样本的基因型是野生型还是突变型。也可以用于检测待测个体的基因状态。比如是否含有导致某些疾病的基因突变。

许多种肿瘤检测，胎儿遗传状态检测都具有重要的价值。目前针对胎儿的基因突变筛查，主要基于SNP array等多个平台系统，对胎儿及父母进行全基因组SNP分析， 成本昂贵；而常规依赖聚合酶的边合成边测序难以保证碱基准确性，发生的碱基错误造 成测序噪声，因此常规文库捕获和高通量测序不能解决由扩增和测序造成的变异检测偏 差；而较新的循环单分子扩增和重测序技术(cSMART)技术受其环化文库效率和背靠背 引物位点的设计的影响。

孕妇外周血中胎儿来源的游离DNA的发现，为无创性检测胎儿遗传状态提供了可能。孕妇外周血cfDNA源于母亲和胎儿，胎儿游离DNA(cffDNA)来源于胎盘滋养层细 胞，约占总cfDNA的10-20％，片段长度为140-180bp左右。将cffDNA从母亲来源的DNA 中鉴别出来仍然是目前的技术难点，特别是如何检测母血血浆中cffDNA所导致的等位 基因比例不平衡。目前国际上对cffDNA的研究主要通过位点特异性PCR，MALDI-TOF 质谱法，数字PCR和高通量测序等。

目前主流的无创产前检测方法均基于胎儿变异位点检测和单体型检测：通过对母血 血浆中cfDNA进行位点检测，然后利用相对变异剂量(RMD)和相对单体型剂量(RHDO) 分析孕妇血浆中胎儿变异位点和单体型的相对含量。通过仅存在父亲中的SNP推导了父 源部分的胎儿基因组，母亲来源的胎儿基因组部分则使用父亲纯合但母亲杂合的SNP 进行推导。Papasavva等利用该方法对母血cfDNA进行分析，成功对其cffDNA基因型 和变异位点进行分析。因此利用对cffDNA中变异位点和单体型的检测，可有效地提高 胎儿致病基因的诊断准确度。

对于遗传性耳聋无创产前基因诊断的方法学研究，目前国际上仅有极少数报道。由于在耳聋热点变异中存在多个Indel变异位点，如GJB2(c.299delAT、c.235delC、 c.176_191del16)，不同的平台系统对其cfDNA检测仍然存在多种问题。

有必要针对开发一种更便捷和可靠的适合无创检测低拷贝数基因突变的技术。

发明内容

因此上述领域存在问题和需求，发明人研发了一种快速准确的单分子扩增技术，在常规的多重扩增基础上加入了UMI(Unique Molecular Identifier)分子标签，利 用UMI对二代测序数据进行降噪，从而准确地检测低拷贝数变异：具体方案如下：

一种检测基因突变的方法，包括步骤如下：

(1)以受试者血浆DNA为模板；

(2)进行PCR预扩增；

(3)对预扩增产物进行Index PCR二次扩增；

(4)对PCR二次扩增产物产物进行文库质控，然后在Illumina NextSeq进行150bp双端测序；