[发明专利]一个用于区分五个辣椒栽培种的InDel标记引物对及其应用

说明书

本发明公开了一个用于区分五个辣椒栽培种的InDel标记引物对及其应用。一个用于区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物对，由SEQ ID NO.1所示的正向引物和SEQ ID NO.2所示的反向引物组成。用五个辣椒栽培种基因组DNA进行PCR扩展；如果有133bp的分子标记谱带，则为一年生辣椒；如果有135bp则为灌木状辣椒；如果有138bp分子标记谱带，则为中国辣椒；如果有141bp的分子标记谱带，则为下垂辣椒；如果有148bp的分子标记谱带，则为柔毛辣椒。该标记可用于区分辣椒的五个栽培种及其杂交种，为辣椒栽培种的划分提供了分子依据，为远缘杂交种的鉴定提供了更为可靠和准确的鉴定方法。

技术领域

本发明涉及一个用于区分五个辣椒栽培种的InDel标记引物对及其应用，属于农业生物技术工程领域。

技术背景

辣椒是茄科作物中非常重要的蔬菜作物之一，起源于中南美洲地区。由于辣椒兼具蔬菜和调味品的功能，世界范围内具有极高的经济价值。辣椒属中已鉴定出31个种，其中包括五个辣椒栽培种，分别为：一年生辣椒(Capsicum annuum L.)、中国辣椒(Capsicumchinense Jacq.)、灌木状辣椒(Capsicum frutescens L.)、下垂辣椒(Capsicum baccatumL.)和柔毛辣椒(Capsicum pubesens RuizPavon)。5个栽培种之间有很多性状存在形态学差异，如最为明显的花和种子的颜色等。

传统的植物分类都是以植物的形态特征为依据，即根据茎、叶、花、果实等器官的特征进行分类。虽然形态学方法简单直观，但易受环境的影响，可重复性不高；在性状极为接近的基因型之间很难通过表型观察进行分类。分子标记的稳定性好、信息量大、分析效率高、遗传多态性高，具有广泛的应用基础。插入/缺失多态性(insertion/deletion,InDel)是由于等位基因位点处的DNA序列在不同个体间发生了核苷酸片段的插入/缺失而产生的长度多态性变异。在整个基因组中，InDel标记的多态性频率仅次于SNP标记，远高于SSR标记。InDel标记多态性可通过聚合酶链式反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳或非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳等简单的步骤达到基因分型的目的。InDel标记为共显性标记已广泛应用于高分辨率图谱构建、关联分析、基因定位和种质资源多态性分析等领域。

本发明利用一个InDel标记即可区分辣椒的五个栽培种，在辣椒栽培种种质的植物学分类和杂交种的鉴定等研究方面具有重大应用价值。

发明内容

本发明的目的在于利用1个InDel标记可快速准确的区分5个辣椒栽培种，可以对新的辣椒种质进行植物学分类，并用于鉴定五个栽培种的种间杂交种。

本发明的目的可通过以下技术方案实现：

一个区分五个辣椒栽培种的InDel标记引物对，由以下引物组成：

正向引物序列：GACCCCACTTTGTGGGAATA(SEQ ID NO.1)

反向引物序列：TGCTTGCCAGGGATATTTTT(SEQ ID NO.2)

上述引物用于区分五个辣椒栽培种的方法为：

1)辣椒基因组DNA的提取；

2)用所述引物对辣椒基因组DNA进行PCR扩增；

a、PCR反应体系：50ng/μl的DNA模板0.5μl；10μmol/L的引物对0.5μl；10×PCRbuffer 1.0μl；25mmol/L MgCl2 1.0μl；10mmol/L dNTPs 0.25μl；5U/μl Taq DNAPolymerase 0.1μl；ddH2O 6.65μl；或者采用50ng/μl的DNA模板0.5μl；10μmol/L的引物对0.5μl；GreenMaster Mix 5μl；ddH2O 3μl；