[发明专利]一种基于表观遗传学修饰差异的靶基因的检测方法

权利要求书

1.一种非诊断目的基于表观遗传学修饰差异的靶基因的检测方法，其特征在于，所述方法包括：

抽提不同组别样本的外周血游离DNA；

针对不同待测靶基因和/或同一靶基因的不同待测区域片段设计引物对组；

利用引物对组分别对不同组别样本的外周血游离DNA在高温变性条件下和低温变性条件下进行实时荧光定量PCR扩增，得到待测靶基因xn和/或同一靶基因待测区域片段xn的△Ct_xn；其中，△Ct_xn＝|Ct_xn-HT–Ct_xn-LT|，待测靶基因xn和/或同一靶基因待测区域片段xn在高温变性条件下的Ct值标记为Ct_xn-HT，待测靶基因xn和/或同一靶基因待测区域片段xn在低温变性条件下的Ct值标记为Ct_xn-LT；

利用回归分析对不同待测靶基因和/或同一靶基因不同待测区域片段的△Ct_xn进行加权计算，具体公式为：

△Ct_加权值＝a1*△Ct_x1+a2*△Ct_x2+……+an*△Ct_xn；

其中，△Ct_x1，△Ct_x2，……，△Ct_xn为不同待测靶基因和/或同一靶基因不同待测区域片段的△Ct值；a,a2,……,an为回归分析对不同靶基因和/或同一靶基因的不同区域片段对应的△Ct值给出的加权系数；

根据△Ct_加权值得到的阈值鉴别或溯源表观遗传学修饰差异的靶基因所在的组别；

所述靶基因为P53基因和/或胞嘧啶脱氨酶及相关分子基因；其中，所述胞嘧啶脱氨酶及相关分子基因包括AID基因、APOBEC3B/C基因、YB1基因以及MLH1基因；

所述检测引物对组由序列表SEQ ID No.1至SEQ ID No.25所示的核苷酸序列组成的引物对组；

其中，序列SEQ ID No.1和SEQ ID No.2分别为扩增P53基因外显子3区域片段长度为140bp的上游引物和下游引物，序列SEQ ID No.3为扩增该区域片段的探针；SEQ ID No.4和SEQ ID No.5分别为扩增P53基因外显子3区域片段长度为204bp的上游引物和下游引物，序列SEQ ID No.6为扩增该区域片段的探针；序列SEQ ID No.7和SEQ ID No.8分别为扩增P53基因外显子4区域片段长度为153bp的上游引物和下游引物，序列SEQ ID No.9为扩增该区域片段的探针；序列SEQ ID No.10和SEQ ID No.8分别为扩增P53基因外显子4区域片段长度为180bp的上游引物和下游引物，序列SEQ ID No.9为扩增该区域片段的探针；

序列SEQ ID No.11和SEQ ID No.12分别为扩增AID基因启动子区域片段长度为145bp的上游引物和下游引物，序列SEQ ID No.13为扩增该区域片段的探针；SEQ ID No.14和SEQID No.15分别为扩增AID基因外显子3区域片段长度为169的上游引物和下游引物，序列SEQID No.16为扩增该区域片段的探针；序列SEQ ID No.17和SEQ ID No.18分别为扩增APOBEC3B/C基因启动子区域片段长度为135的上游引物和下游引物，序列SEQ ID No.19为扩增该区域片段的探针；序列SEQ ID No.20和SEQ ID No.21分别为扩增YB1基因启动子区域片段长度为102的上游引物和下游引物，序列SEQ ID No.22为扩增该区域片段的探针；序列SEQ ID No.23和SEQ ID No.24分别为扩增MLH1基因外显子1区域片段长度为169的上游引物和下游引物，序列SEQ ID No.25为扩增该区域片段的探针。

2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述P53基因的待测区域片段选自外显子3区域片段长度为204bp的片段、外显子3区域片段长度为140bp的片段、外显子4区域片段长度为180bp的片段、外显子4区域片段长度为153bp的片段；所述AID基因的待测区域片段选自启动子区域片段长度为145bp的片段、外显子3区域片段长度为169bp的片段；所述APOBEC3B/C基因的待测区域片段选自启动子区域片段长度为135bp的片段；所述YB1基因的待测区域片段选自启动子区域片段长度为102bp的片段；所述MLH1基因的待测区域片段选自外显子1区域片段长度为169bp的片段。