[发明专利]一种基于表观遗传学修饰差异的靶基因的检测方法

说明书

本发明公开一种基于表观遗传学修饰差异的靶基因的检测方法，包括：抽提不同组别样本的外周血游离DNA；针对不同待测靶基因和/或同一靶基因的不同待测区域片段分别设计引物对组；利用引物对组分别对不同组别样本外周血游离DNA在高温变性条件下和低温变性条件下进行实时荧光定量PCR扩增，得到待测靶基因xn和/或同一靶基因待测区域片段xn的△Ct_xn；进一步利用回归分析对△Ct_xn进行加权计算并得到阈值，据此鉴别或溯源表观遗传学修饰差异的靶基因所在的组别或不同的来源。本发明通过对不同靶基因/或同一靶基因不同区域表观遗传学修饰差异的分析，为鉴别或溯源靶基因的不同来源提供了新的更加便捷的方法。

技术领域

本发明涉及生物检测领域。更具体地，涉及一种基于表观遗传学修饰差异的靶基因的检测方法。

背景技术

研究发现基因的表观遗传学修饰在基因的调控中具有重要的作用，是广谱性基因调控的重要手段，这样在丰度较低的DNA样本中，靶向基因修饰的检测则具有更高的敏感性。表观遗传学调控可发生在DNA水平、组蛋白水平以及染色质整体水平，表观遗传学修饰在基因的调控中主要可概括为三个方面，即书写器(Writer)、阅读器(Reader)、擦除器(Eraser)，书写器主要添加各种修饰，擦除器则是将添加的这些修饰去掉，阅读器是辨认这些修饰的改变并执行不同的功能。这样由书写器-阅读器-擦除器的组成的调控系统可实现对细胞的精确调控。

在DNA的甲基化修饰中，研究发现其修饰位点既可发生在基因的启动子序列中，也可发生在基因体(Gene Body)中。基因启动子的甲基化与基因表达呈负相关(影响转录因子以及RNA聚合酶的结合)，但对基因体中DNA甲基化的功能仍不清楚；在组蛋白的修饰中，组蛋白甲基化因所在的位点不同将具有完全不同甚至相反的功能，正是由于组蛋白的修饰的多样性以及不同位点的差异性，从而形成了所谓的组蛋白密码(Histone Code)。

在真核生物的天然DNA中，核小体是其存在的基本形式，这样位于核小体中组蛋白的各种修饰以及DNA中的甲基化修饰，共同实现对基因表达的最精确的调控。这样某些基因在不同组别样本中的表达不同主要归因于其表观遗传学修饰的差异，鉴定这些差异是目前表观遗传学研究的热点。虽然目前有不少的鉴定方法，如：结合亚硫酸钠处理的MSP、测序、甲基灯等，但通常存在操作步骤繁琐、转化效率不高、难以建立质控标准等问题，这样如何基于表观遗传学修饰差异建立便捷、高效、低成本的检测方法已成为当前的迫切需要。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于表观遗传学修饰差异的靶基因的检测方法，通过对不同靶基因/或同一靶基因不同区域表观遗传学修饰差异的分析，为鉴别或溯源其不同的来源提供了新的更加便捷的方法。基于该方法，在正常人与肿瘤来源外周血游离DNA中的研究发现，其可用于鉴别肿瘤来源的外周血游离DNA的分析，具有重要的临床价值。

为达到上述目的，本发明采用下述技术方案：