[发明专利]一种构建基于淋巴瘤基因检测的高通量测序文库的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种构建基于淋巴瘤基因检测的高通量测序文库的方法及其应用，包括以下步骤：针对目的基因建立引物库，利用所述引物库中的引物获取目标DNA片段构建形成所述高通量测序文库，一种用于构建上述的基于淋巴瘤基因检测的高通量测序文库的试剂盒，包含至少一种引物，所述引物选自所述引物库。将上述试剂盒用于淋巴瘤基因的高通量测序方法，包括以下步骤：利用所述试剂盒中的引物构建测序文库后，针对测序文库进行测序分析；其中，所述测序分析的具体操作为：将提取的各个目标DNA片段的核苷酸序列进行读取并记录，生成数据文件，并对所述数据文件进行分析处理。与现有技术相比，本发明方案在高通量测序过程中具有低起始量、检测广泛、灵敏度高、准确性高、适用范围广、实用性强等优点。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种构建基于淋巴瘤基因检测的高通量测序文库的方法及其应用。

背景技术

淋巴瘤(lymphoma)是一类起源于淋巴结或其他淋巴组织的恶性肿瘤，分为霍奇金淋巴瘤(Hodgkin lymphoma，HL)和非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma，NHL)两大类，根据2016年版世界卫生组织(World Health Organization，WHO)定义的淋巴瘤亚型超过40种，每一种淋巴瘤都有独特的分子遗传学背景，并可对应不同的治疗方案及预后分层，即使为同一亚型，其治疗方案也不尽相同。因此，相对于其它实体瘤而言，淋巴瘤的诊断和治疗更为复杂。淋巴瘤的精确诊断需要依赖形态病理学(Morphology)、免疫表型(Immunology)、细胞遗传学(Cytogenetics)和分子遗传学(Molecular genetics)等技术综合判断；而其中，分子遗传学尤为重要。

目前传统的检测方法，均基于聚合酶链式反应法(Polymerase Chain Reaction，PCR)所衍生的技术，如荧光探针定量法(Taqman-Real Time-PCR，Taqman探针法)、桑格毛细管电泳法(Sanger法)等等方法，虽然能在一定程度上辅助临床对淋巴瘤进行分型及预后判断，但存在着一次性检测位点少、不能涵盖所有检测位点的缺陷，同时，Sanger法检测单核苷酸碱基突变(Single nucleotide variants，SNV)、微小插入/缺失突变(Insertion-deletion，Indel)等突变类型还存在着检测灵敏度差等问题(灵敏度约10％-20％)。而近年来兴起的数字聚合酶链式反应法(Digital Polymerase Chain Reaction，DDPCR)，虽然有极高的检测灵敏度(0.01％)，但同样不能一次性检测大量的基因位点。这些方法均不能很好的满足临床上对淋巴瘤这类亚型种类繁多、所涉大量基因突变位点的疾病的诊疗需求。

高通量测序，又称二代测序(Next Generation Sequencing，NGS)，其以单次检测通量高、覆盖面广、检测灵敏度高等优点迅速被各大科研和临床机构所采用。目前随着该系列平台配套技术的完善及成熟，各大公司及医院已经开展包括遗传病、癌症、生育健康、胚胎移植前遗传学筛查诊断(Preimplantation Genetic Screening and PreimplantationGenetic Diagnosis，PGS/PGD)在内的多种检测服务。此外，随着国家对高通量测序监管的加强，高通量测序室间质量评价、高通量测序实验室建设规范等质量监管系统也日渐完善。因此，高通量测序应用于临床的意义不言而喻。

目前，NGS在淋巴瘤中的应用主要可概括为以下三个方面：