[发明专利]一种检测磺脲类个体化用药相关基因SNP位点的引物及方法在审
申请号: | 201810741794.5 | 申请日: | 2018-07-09 |
公开(公告)号: | CN108866180A | 公开(公告)日: | 2018-11-23 |
发明(设计)人: | 李鹏;齐琳洁;冷欢 | 申请(专利权)人: | 西安医臻生物医药科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6883 | 分类号: | C12Q1/6883;C12Q1/686;C12N15/11 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 710000 陕西省西安市沣*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 特异性引物 引物 个体化用药相关基因 检测 上游引物 下游引物 磺脲类 突变型 野生型 错配碱基 碱基互补 扩增效率 末端碱基 序列设计 引物序列 引入 杂合型 种检测 判读 位点 突变 直观 基因 改进 | ||
1.一种检测磺脲类个体化用药相关基因SNP位点的引物,其特征在于,其对TCF7L2基因rs7903146(C/T)位点进行检测;
所述用于TCF7L2基因rs7903146(C/T)位点检测的引物序列包括:野生型上游引物、突变型上游引物及共用下游引物,具体为:
SEQ ID NO.01:CAATTAGAGAGCTAAGCACTTTTTAGGTAC,
SEQ ID NO.02:AGAGAGCTAAGCACTTTTTAGGTAT,
SEQ ID NO.03:CAAGCTAACACTAATGAAGAGGACA。
2.一种检测磺脲类个体化用药相关基因SNP位点的方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)临床样本DNA提取:
按照天根血液基因组DNA提取试剂盒说明书进行提取,将所得的DNA样品用紫外分光光度计进行定量,并将其稀释到40ng/μL,用于后续实验;
(2)ARMS-qPCR法扩增临床样本DNA:设置A组(野生型引物扩增组)及B组(突变型引物扩增组),具体操作步骤如下:
2.1将检测所需试剂及样本置于冰上融化并轻弹混匀,将样本及试剂加入联管,并按照体积由高到低依次加入反应孔中;
2.2加样完毕后扣紧管盖,用手轻轻震荡混匀反应体系,避免产生气泡,离心;
2.3取出离心后的样品,放入荧光定量PCR仪中;
2.4设定PCR反应程序;
2.5对检测结果进行判读:根据溶解曲线确定扩增反应效果,溶解曲线只有单峰且出峰位置是目的产物退火温度Tm=90℃,则实验结果有效,对数据进行判读,ΔCt=Ct B组-CtA组,当ΔCt>7为野生型,ΔCt<-7为突变型,-2<ΔCt<2为杂合型。
3.根据权利要求2所述的一种检测磺脲类个体化用药相关基因SNP位点的方法,其特征在于,所述步骤2.5中野生型的基因型为CC,突变型的基因型为TT,杂合型的基因型为CT,退火温度Tm相差范围为±2℃。
4.根据权利要求2所述的一种检测磺脲类个体化用药相关基因SNP位点的方法,其特征在于,所述步骤(2)的检测仪器为TL988实时荧光定量PCR仪,或ABI7500实时荧光定量PCR仪。
5.根据权利要求2所述的一种检测磺脲类个体化用药相关基因SNP位点的方法,其特征在于,所述步骤2.1的联管为与检测仪器相配套的八联管,所采用的酶为SuperReal PreMixPlus(SYBR Green)预混液。
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