[发明专利]一种人类粪便DNA提取方法

说明书

本发明提供一种简单快速、成本低、稳定性高的人粪便DNA提取方法。包括步骤一，粪便样品的采集；步骤二，粪便样品的运输；步骤三，粪便样品的取样；步骤四，粪便样本的DNA提取。本发明DNA提取过程方便快捷，所得DNA纯度与浓度符合要求，磁珠的应用可大大提高实验通量，可用于粪便DNA提取的自动化应用。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及非损伤性取样材料中提取DNA的方法，具体涉及一种人类粪便DNA提取方法。

背景技术

肠道系统是人体最大的消化器官，也是人体最大的排毒器官，其可直接影响人体正常生理功能，与人体健康息息相关。人体携带有10¹⁴的细菌，总重量大约为1270g，这些细菌在人出生后就开始定植，并保持数量和种类的动态平衡。正常的微生物群大部分定植于肠道，它们参与宿主的生长发育，促进免疫系统的成熟，为宿主提供营养等。因而，肠道微生态系统也成为宿主生理系统中不可分割的组成部分。

与肠道有关的疾病有阑尾炎、肠梗阻、肠炎、息肉、肿瘤和癌症等，临床上可通过各种检测予以确诊，包括血液检测，彩超，组织活检等，其中肠镜检测最为准确，但其侵入性高，易造成受检查者身体创伤和痛苦，受检者接受度低。

肠道微生态系统包括多种多样的细菌微生物，其中包含大量人体有益菌群，亦有对人体有害的菌群，有越来越多的证据表明这些菌群与人自身免疫系统、肥胖、糖尿病、心血管疾病、血压调节、癌症等有关，加强肠道菌群的研究对防治、治疗和疾病预后都有重要的意义。

对粪便中肠道脱落细胞和细菌DNA的检测可得到大量相关信息，诸多证据显示脱落细胞DNA与多种癌症高度相关，而通过对细菌DNA的检测可判别其细菌种类及细菌的相对含量，从而给出对人体健康状况的解读。

然而要从粪便中得到高质量的DNA来进行相应的研究和转化应用还有很多问题亟待解决，例如在粪便的采集过程中可能会发生DNA的降解，粪便中也存在着各种PCR反应抑制剂(各种细菌、食物残渣、多糖、胆酸和消化液等)，严重影响后续的检测和试验。市场上已有的粪便DNA提取试剂盒以硅胶膜柱结合法为主，不能完全满足要求，且价格昂贵。

从粪便中提取DNA的方法多种多样，例如直接提取粪便DNA，富集肠壁脱落细胞后提取人基因组DNA等，其中直接提取法获得的DNA总量高，但人源DNA含量较少，不适合应用于对人源DNA模板数量要求高的下游检测方法；而富集肠壁脱落细胞后提取能保证提取的DNA全部来源于人，特异性高，抑制性成分去除彻底，但只能获得未凋亡细胞，DNA含量和多样性的损失较大，产量低且成本高。

发明内容

本发明的目的是解决以上提出的问题，提供一种简单快速、成本低、稳定性高的人粪便DNA提取方法。

本发明是通过以下技术方案实现的：

本发明是一种人类粪便DNA提取方法，所述方法包括以下步骤：

步骤一，粪便样品的采集：

人排出粪便后，立即采集2-5g粪便样品放入采集管中，采集管中装有10-15mL粪便保存液，摇匀采集管使粪便样品与粪便保存液充分混匀；

所述粪便保存液成分：0.3-0.6M EDTA，3-6M NaCl，0.3-1.5M Tris；

步骤二，粪便样品的运输：

在常温(22-26℃)或低温(4℃及以下)条件下常规物流运输采集的粪便样品，并在3天内到达实验室进行处理；

步骤三，粪便样品的取样：

粪便样品到达实验室后，充分混匀，吸取800μL-2000μL粪便样本放入离心管中，再次混匀；

步骤四，粪便样本的DNA提取：

(1)细胞沉淀