[发明专利]一种人粪便总DNA亚硫酸盐转化及回收纯化的方法在审
申请号: | 201810814365.6 | 申请日: | 2018-07-23 |
公开(公告)号: | CN108949746A | 公开(公告)日: | 2018-12-07 |
发明(设计)人: | 王军一;肖雯;王巍;刘杰;舒平;尚慧捷;高金龙 | 申请(专利权)人: | 杭州和壹基因科技有限公司 |
主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C12Q1/6806 |
代理公司: | 杭州中成专利事务所有限公司 33212 | 代理人: | 唐银益 |
地址: | 310051 浙江省杭州*** | 国省代码: | 浙江;33 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 亚硫酸盐 人粪便 转化 总DNA 全自动化操作 甲基化检测 甲基化水平 甲基化DNA 粪便样本 高转化率 磁珠法 结合液 热变性 源DNA 冰置 复性 标准化 回收 基因 分析 | ||
1.一种人粪便总DNA亚硫酸盐转化及回收纯化的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)在2.0mL离心管中加入1-3000ug的待处理人粪便总DNA;
(2)在步骤(1)离心管中加入100-300μL亚硫酸盐转化溶液、30-50μL保护溶液,盖紧离心管后,涡旋混匀,瞬时离心;
(3)将步骤(2)离心管密闭置于恒温振荡孵育器中,95℃静置孵育10~20分钟;
(4)立即将步骤(3)离心管取出,放置冰上5-10分钟;
(5)将步骤(4)离心管从冰上取出,颠倒混匀,瞬时离心,将离心管置于恒温振荡孵育器中,75℃静置孵育45-60分钟;
(6)瞬时离心步骤(5)反应后的离心管,向其中加入1000μL磁珠结合溶液、100-200μL混匀的磁珠溶液,涡旋混匀,其中,磁珠预先混匀且室温平衡至少30分钟;
(7)将步骤(6)离心管置于23℃的恒温振荡孵育器中,转速1000rpm,孵育45-60分钟;
(8)瞬时离心离心管后,将其置于磁力架2-5分钟,待磁珠分离后,弃除上清液;
(9)将步骤(8)离心管从磁力架上取下,加入800μL磁珠结合溶液;涡旋混匀重悬磁珠;重复步骤(8);
(10)将步骤(9)离心管从磁力架上取下,加入800μL洗涤液;涡旋混匀后重复步骤(8);
(11)将步骤(10)离心管从磁力架上取下,加入600μL洗涤液;涡旋混匀后重复步骤(8);
(12)瞬时离心步骤(11)离心管后,将其置于磁力架2-5分钟,去除残留液体;
(13)打开步骤(12)离心管的管盖,将离心管放置于恒温振荡孵育器中;23℃静置15分钟,等待磁珠干燥,静置时不要震荡;
(14)向步骤(13)离心管加入35μL洗脱液;盖好离心管;涡旋混匀重悬磁珠;将离心管放入恒温振荡孵育器中,23℃,1000rpm,孵育10分钟;
(15)瞬时离心步骤(14)离心管后,将其置于磁力架2-5分钟,将洗脱液转移至新的无DNase无RNase酶的1.5mL离心管中;-80℃保存备用。
2.根据权利要求1所述的人粪便总DNA亚硫酸盐转化及纯化的方法,其特征在于,所述亚硫酸盐转化溶液为含40%-50%(m/v)亚硫酸氢钠和5%-15%(m/v)亚硫酸钠的水溶液,pH值为5.4-5.5。
3.根据权利要求1所述的人粪便总DNA亚硫酸盐转化及纯化的方法,其特征在于,所述保护溶液为按100-200mg:1.5mL比例配置的奎诺二甲基丙烯酸酯与二乙二醇二甲醚的混合液。
4.根据权利要求1所述的人粪便总DNA亚硫酸盐转化及纯化的方法,其特征在于,所述磁珠结合溶液为含0.1%-0.5%PEG6000(v/v)、0.1%-0.5%PEG8000(v/v)、5%-10%氯化钠(m/v)、5-10mM EDTA(pH8.0)、5-10mM Tris-HCl(pH7.6)和体积浓度为50%无水乙醇的水溶液,pH7.5-7.6。
5.根据权利要求1所述的人粪便总DNA亚硫酸盐转化及纯化的方法,其特征在于,所述洗涤液为含体积浓度为70%-80%乙醇的水溶液。
6.根据权利要求1所述的人粪便总DNA亚硫酸盐转化及纯化的方法,其特征在于,所述步骤(14)和(15)的洗脱液为无核酸酶水或Tris缓冲液或TE缓冲液。
7.根据权利要求1所述的人粪便总DNA亚硫酸盐转化及纯化的方法,其特征在于,所述磁珠溶液为含浓度为50mg/mL纳米磁性颗粒的水溶液,所述纳米磁性颗粒为超顺四氧化三铁或超顺三氧化二铁颗粒,且颗粒外表由表面修饰有羟基或羧基的二氧化硅包被。
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