[发明专利]一种使用三支概念判断物种间系统发育的方法

权利要求书

1.一种使用三支概念判断物种间系统发育的方法，其特征是，包括以下步骤：

(一)对原始生物信息系统(U,V,R)进行处理，以得到生物信息系统(U₃,V₃,R₃)，生物信息系统中的U为研究的物种集合，U＝{x₁,x₂,…,x_m}，(i＝1,2,…,m；m＝|U|)，x_i为第i个物种；V为所提取的物种的生物性状的集合，V＝{m₁,…,m_i,…,m_l}，(i＝1,2,…,l；l＝|V|)，其中l为生物性状的个数，m_i为第i个生物性状；R为物种集合U与物种的生物性状的集合V之间的二元关系，即其处理方式是：

1-1、针对原始生物信息系统(U,V,R)，对每一个物种x_i∈U，先计算此物种的生物序列所含第k个碱基对的个数t_ik(i＝1,2,…,m；k＝1,2,…,16)；再计算第k个碱基对占此物种的生物序列长度的百分比p_ik，其中m＝|U|；当对m个物种全部计算完成后，得到矩阵R_m×16＝(p_ik)_m×16；

1-2、由矩阵R_m×16＝(p_ik)_m×16，依据和计算第i个物种与第j个物种之间的亲缘关系相近程度r_ij，得到矩阵

1-3、对矩阵按照模糊等价矩阵聚类方法进行计算，可得集合S＝{s₁,s₂,…,s_v},进而通过计算F统计量值，在集合S中找到最优值s₀，其中，i₁＝1,2,…,v；v为集合S中元素的个数；

1-4、利用步骤1-3中的最优值s₀，得到集合：

其中，称为第j₀个部分物种集合，为第j₀个部分物种集合所含元素的个数；对于每一部分物种集合，将其共同不拥有的生物性状进行删除，得到集合据此得到约简后的生物性状集取U₁＝U，R₁定义如下：任取x∈U₁，y∈V₁，若xRy，则xR₁y；若xRy不成立，则xR₁y不成立；进而获得生物信息系统(U₁,V₁,R₁)；1-5、在生物信息系统(U₁,V₁,R₁)中筛选出与研究目的有关的物种，组成物种集合U₂，取V₂＝V₁，R₂定义为：xR₂y，当且仅当xR₁y(对于任何x∈U₂，y∈V₂)，得到生物信息系统(U₂,V₂,R₂)；1-6、对于步骤1-5中得到的生物信息系统(U₂,V₂,R₂)，先将U₂中的任意两个物种组合在一起，得到U₃＝{z|z＝(α,β)，其中α，β∈U₂,α≠β}；再取V₃＝V₂，R₃定义为：任取z＝(α,β)∈U₃以及y∈V₃,zR₃y当且仅当αR₂y且βR₂y；由此得到生物信息系统(U₃,V₃,R₃)；

(二)对处理后的生物信息系统(U₃,V₃,R₃)进行三支概念的提取，其具体方式是：

2-1、对步骤1-6中得到的生物信息系统(U₃,V₃,R₃)进行净化处理，得到净化后的生物信息系统(U₄,V₄,R₄)；

2-2、对净化后的生物信息系统(U₄,V₄,R₄)进行三支概念的生成，得到生物信息系统的三支概念(X_p,(Q,D))；其中，X_p是三支概念的外延，(Q,D)是三支概念的内涵，Q是物种个体共同拥有的生物性状集，D是物种个体共同不拥有的生物性状集；

(三)对得到的三支概念(X_p,(Q,D))进行分析计算，以利用三支概念格理论来判断物种的亲缘关系。