[发明专利]一种使用三支概念判断物种间系统发育的方法有效

专利信息
申请号: 201810879411.0 申请日: 2018-08-03
公开(公告)号: CN109166601B 公开(公告)日: 2021-09-07
发明(设计)人: 毛华;杨兰珍;王刚;武秀;郑珍;潘昭 申请(专利权)人: 河北大学
主分类号: G16B5/00 分类号: G16B5/00
代理公司: 石家庄国域专利商标事务所有限公司 13112 代理人: 胡澎
地址: 071002 河北*** 国省代码: 河北;13
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摘要:
搜索关键词: 一种 使用 概念 判断 物种 系统发育 方法
【说明书】:

发明涉及一种使用三支概念判断物种间系统发育的方法,包括以下步骤:(一)对原始生物信息系统(U,V,R)进行处理,以得到生物信息系统(U3,V3,R3);(二)对处理后的生物信息系统(U3,V3,R3)进行三支概念的提取;(三)对于所得到的三支概念,利用三支概念格理论分析每一三支概念,确定物种间是否具有亲缘关系,以及物种间具有亲缘关系的支持度。本发明是一种基于新形式概念格理论——三支概念格理论对物种亲缘关系进行分析的方法,本发明将三支概念引入物种亲缘关系的分析上,不仅可剖析物种间具有亲缘关系、不具有亲缘关系,而且还可剖析物种间部分具有亲缘关系,进一步细化了亲缘关系分析理论,帮助研究者更深层次地了解物种亲缘关系。

技术领域

本发明涉及一种物种系统发育的分析方法,具体地说是一种使用三支概念判断物种间系统发育的方法。

背景技术

系统发育分析是研究物种进化和物种系统分类的一种方法。研究对象为携带遗传信息的生物序列,目前常采用特定的数理统计算法来计算物种间的系统发生关系,并用系统进化树来概括物种间的这种亲缘关系。

2014年,祁建军等人在Switzerland:Springer International Publishing出版的论文集《Rough Sets and Knowledge Technology》发表“Three-way formal conceptlattice”一文中提出一种新形式概念——三支概念,具体地分为:对象导出的三支概念(X,(N,B))和属性导出的三支概念((X,Y),N)。由于属性导出的三支概念和对象导出的三支概念是对偶的,故本发明只侧重于一个方面——对象导出的三支概念。为方便起见,本发明将对象导出的三支概念简称为“三支概念”。每一对象导出的三支概念(X,(N,B))可以理解为:物种个体集(亦称对象集)X将生物性状集(亦称属性集)V分成N、B以及V-N-B三部分,其中X称为此三支概念的外延(即属于此三支概念的所有物种个体的集合);(N,B)称为此三支概念的内涵,这里N为X中的物种个体共同拥有的生物性状集,B为X中的物种个体都不拥有的生物性状集。

显然,与经典的概念(二支概念)相比,三支概念是一种新形式概念,其基本含义是:

(1)每一二支概念是由两部分组成,即(X,N),其中X称为此二支概念的外延(即属于此二支概念的所有物种个体的集合);N称为此二支概念的内涵(即X中的物种个体共同拥有的生物性状集);

(2)给定生物信息系统(U,V,R),其中U为物种个体的集合,V为生物性状的集合,R为物种个体的集合U与生物性状的集合V之间存在的二元关系。对于及定义:

若X·=(N,B),且(N,B)·=X,则称(X,(N,B))为一个三支概念。

在三支概念生成方面,目前常见的方法是祁建军等人于2016年在《Knowledge-Based Systems》上发表的“The Connections between three-way and classicalconcept lattices”一文中所提出的。

目前,在对物种亲缘关系分析方面,得到的均为物种具有亲缘关系或不具有亲缘关系的择一结论,而不能剖析物种间是否具有部分的亲缘关系,不能帮助研究者更深层次地了解物种间的亲缘关系。

发明内容

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