[发明专利]基于图像构建测序模板的方法、装置和计算机产品

说明书

本发明公开了一种基于图像构建测序模板的方法和装置。所称的图像包括分别对应A、T/U、G和C四种类型碱基延伸反应时的一个相同视野的第一、第二、第三和第四图像，第一图像包括M1和M2，第二图像包括N1和N2，第三图像包括P1和P2，第四图像包括Q1和Q2，该方法包括：合并第一图像、第二图像、第三图像和第四图像上的亮斑，记录相同位置上的亮斑的数目，去除数目为1的亮斑，以获得对应测序模板的亮斑集合。该方法对图像上的亮斑直接取并集，能够快速简便地获取完整准确的对应核酸模板的亮斑集合。

技术领域

本发明涉及本发明涉及图像处理和信息识别领域，特别地，涉及一种基于图像构建测序模板的方法、一种碱基识别方法、一种基于图像构建测序模板的装置、一种碱基识别装置和一种计算机产品。

背景技术

在相关技术中，包括在基于成像系统多次对生化反应中的核酸分子(模板)进行图像采集以测定该核酸分子的核苷酸顺序的测序平台中，如何处理以及关联多次不同时间点所采集的图像包括图像上的信息，以有效且准确地获得核酸模板的至少一部分的核苷酸组成和顺序，是值得关注的问题。

发明内容

本发明实施方式旨在至少解决相关技术中存在的技术问题之一或者至少提供一种可选择的实用方案。

依据本发明的一个实施方式，提供一种基于图像构建测序模板的方法，所称的图像包括分别对应A、T/U、G和C四种类型碱基延伸反应时的一个相同视野的第一图像、第二图像、第三图像和第四图像，碱基延伸反应时的该视野具有多个带有光学可检测标记的核酸分子，至少一部分核酸分子在图像上表现为亮斑，第一图像包括图像M1和图像M2，第二图像包括图像N1和图像N2，第三图像包括图像P1和图像P2，第四图像包括图像Q1和图像Q2，定义顺序或同时实现一次四种类型碱基延伸反应为一轮测序反应，图像M1和图像M2分别来自两轮测序反应，图像N1和图像N2分别来自两轮测序反应，图像P1和图像P2分别来自两轮测序反应，图像Q1和图像Q2分别来自两轮测序反应，方法包括：合并第一图像、第二图像、第三图像和第四图像上的亮斑，记录相同位置上的亮斑的数目，去除数目为1的亮斑，以获得对应测序模板的亮斑集合。

依据本发明的另一个实施方式，提供一种基于图像构建测序模板的装置，所称的图像包括分别对应A、T/U、G和C四种类型碱基延伸反应时的一个相同视野的第一图像、第二图像、第三图像和第四图像，碱基延伸反应时的该视野具有多个带有光学可检测标记的核酸分子，至少一部分核酸分子在图像上表现为亮斑，第一图像包括图像M1和图像M2，第二图像包括图像N1和图像N2，第三图像包括图像P1和图像P2，第四图像包括图像Q1和图像Q2，定义顺序或同时实现一次四种类型碱基延伸反应为一轮测序反应，图像M1和图像M2分别来自两轮测序反应，图像N1和图像N2分别来自两轮测序反应，图像P1和图像P2分别来自两轮测序反应，图像Q1和图像Q2分别来自两轮测序反应，装置包括：合并单元，用于合并第一图像、第二图像、第三图像和第四图像上的亮斑，记录相同位置上的亮斑的数目，去除数目为1的亮斑，以获得对应测序模板的亮斑集合。该装置用以实施上述本发明任一实施方式中的基于图像构建测序模板的方法。

依据本发明的一个实施方式，提供一种计算机可读存储介质，用于存储供计算机执行的程序，执行所述程序包括完成上述任一实施方式中的基于图像构建测序模板的方法。计算机可读存储介质包括但不限于只读存储器、随机存储器、磁盘或光盘等。

依据本发明的一个实施方式，还提供一种计算机产品，包括指令，指令在计算机执行程序时，使计算机执行上述本发明实施方式中的基于图像构建测序模板的方法。

上述基于图像构建测序模板的的方法、装置、计算机可读存储介质和/或计算机产品通过对图像上的亮斑直接进行合并处理，能够快速简便地构建出对应核酸分子(测序模板)的亮斑集合。构建得的亮斑集合能有效、准确且全面的反映测序模板的信息，利于进一步的碱基的准确识别(base call)，即准确识别获取模板核酸的至少一部分的核苷酸序列。