[发明专利]一种检测分析幽门螺旋杆菌的毒性及致病性的方法

说明书

本发明公开一种检测分析幽门螺旋杆菌的毒性及致病性的方法，包括：对幽门螺旋杆菌目标菌株进行DNA提取和全基因组序列检测，根据全基因组序列检测的结果进行全基因组测序数据数据分析和致病相关基因特异性分析；1)对所述致病相关基因进行分型分类；2)根据全基因组序列检测的结果统计致病相关基因的reads数；3)将重要分型基因分别统计比对到各自参考序列的百分比；4)对重要分型基因进行分型判定，对其他致病相关基因进行功能完整度判定；5)根据上述判定结果，对重要分型基因和其他致病相关基因判断其毒性、功能完整性及功能意义解读。本发明对深入理解Hp致病机制及指导Hp感染患者个性化治疗，对临床研究和教学都有非常重大的意义。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域及生物信息学领域，具体涉及检测和分析幽门螺旋杆菌毒性及致病性的方法。

背景技术

幽门螺旋杆菌(Helicobaeter pylori,Hp)于1983年首次被发现以来，是目前所知能够在人胃中生存的唯一微生物种类。据统计，全世界人群中幽门螺旋杆菌的感染率达50％，我国的感染率高达60％-90％，幽门螺旋杆菌感染可导致慢性胃炎、胃溃疡、胃癌和和胃淋巴瘤等消化道疾病，而且随着时间的迁移，幽门螺旋杆菌的根除难度逐年增加，治疗失败的例数也越来越多。因此，检测分析患者体内幽门螺旋杆菌的基因特性至关重要。

幽门螺旋杆菌基因组包含166万个左右的碱基对，超过1500个基因，其中2/3已鉴定生物学功能。其中，若干基因的功能与幽门螺旋杆菌感染的病理发生过程密切相关，包括定向移动、粘膜层穿透、上皮细胞表面定植、酸度中和、毒力蛋白分泌及感染机制、炎症反应诱导等(Tomb et al.,1997)。

不同幽门螺旋杆菌菌株的基因组之间具有很强的遗传多样性，包括点突变、基因插入/删除、基因重排、基因重组等。致病基因在不同幽门螺旋杆菌菌株间的遗传多态性，是影响幽门螺旋杆菌致病性/感染性的最重要因素之一。

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于，提供一种检测分析幽门螺旋杆菌的毒性及致病性的方法，能够通过对幽门螺旋杆菌菌株的一次检测来从整体上全面判断该菌株的毒性和解读该菌株的功能，对深入研究幽门螺旋杆菌的致病机制和指导幽门螺旋杆菌感染患者的个性化治疗都具有非常重大的意义。

为解决上述技术问题，本发明提供的一种检测分析幽门螺旋杆菌的毒性及致病性的方法，技术方案为：对幽门螺旋杆菌目标菌株进行DNA提取和全基因组序列检测，根据全基因组序列检测的结果进行全基因组测序数据数据分析和致病相关基因特异性分析；分析方法包括以下步骤：

1)对所述致病相关基因进行分型分类；所述致病相关基因分为重要分型基因和其他致病相关基因；

所述重要分型基因包括毒性相关基因A(CagA)、空泡细胞毒素A(VacA)基因、膜外炎症蛋白A(OipA)基因和粘附相关脂蛋白AB(AlpAB)基因，其中，毒性相关基因A(CagA)分为CagA西方型和CagA东方型，空泡细胞毒素A(VacA)基因分为s1/m1型、s1/m2型、s2/m1型、s2/m2型，膜外炎症蛋白A(OipA)基因分为ON(开)型和OFF(关)型，粘附相关脂蛋白AB(AlpAB)基因分为AlpAB东方型和AlpAB西方型；

所述其他致病相关基因包括IV型分泌系统(T4SS)基因、其他毒性基因致病岛上的基因(cagPAI)、空泡蛋白VacB基因、膜外蛋白家族(OMP)基因、尿素酶家族基因、鞭毛蛋白家族基因、胶原蛋白酶基因、十二指肠溃疡诱导基因、表皮接触诱导基因和ADP-庚糖合成酶基因。