[发明专利]可用于肠癌液体活检的DNA甲基化标志物及其检测方法，引物对及试剂盒

说明书

本发明公开一种可用于肠癌液体活检的DNA甲基化标志物及其检测方法，用于检测该DNA甲基化标志物的引物对、以及应用该DNA甲基化标志物检测的试剂盒。本发明的技术方案能够利用DNA甲基化位点进行液体活检，对肠癌的发生风险进行评估，且该方法简便可行。

技术领域

本发明涉及疾病监测技术领域，特别涉及一种可用于肠癌液体活检的DNA甲基化标志物及其检测方法，用于检测该DNA甲基化标志物的引物对、以及应用该DNA甲基化标志物检测的试剂盒。

背景技术

2013年，世界卫生组织下属国际癌症研究机构发布报告，指认大气污染对人类致癌，并视其为普遍和主要的环境致癌物。表观遗传学是不改变DNA序列情况下，基因功能的可逆的、可遗传的变化。DNA甲基化表观遗传学的主要研究对象。DNA甲基化是DNA序列上特定序列(连续的胞嘧啶和鸟嘌呤)上的胞嘧啶有可能被甲基化。甲基化程度的变化会通过改变染色质结构及稳定性、改变转录因子结合活性等方式改变基因的表达情况。一般来说，低甲基化有利于基因的表达，高甲基化会抑制基因的表达。目前有研究证实DNA甲基化的状态与某些肿瘤的发生具有高度的相关性。可通过DNA甲基化来评价肿瘤是否发生，以及治疗措施对肿瘤的疗效。

本领域中有多种方法检测DNA的甲基化。甲基化敏感限制性内切酶-PCR/Southern法(Methylation-Sensitive Restriction Endonuclease-PCR/Southern,MSRE-PCR/Southern)是利用甲基化敏感限制性内切酶将DNA切割为大小不同的片段，并进行PCR/Southern分析的方法。该方法是基于限制性内切酶的甲基化分析方法。另还有基于经重亚硫酸盐处理的，以及在此基础上衍生出的一些甲基化分析方法，例如重亚硫酸盐测序法(Bisulphite Sequencing)、甲基化特异性PCR(Methylation-Specific PCR,MS-PCR)、焦磷酸测序(Pyrosequencing)、结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法(COmbinedBisulfiteRestriction Analysis,COBRA)等等。近年来涌现出不少基于全基因组的甲基化分析方法，也称为甲基化图谱分析(Methylation Profiling)，该方法检测样本量大，可检测多个位点。例如，基于MassARRAY技术的飞行质谱分析方法可实现多重CpG的检测；基于高通量测序的分析方法；以及基于芯片的甲基化图谱分析：安捷伦的Human CpG IslandMicroarray Kit、Illumina的Infinium Human Methylation27BeadChip芯片和InfiniumHuman Methylation450BeadChip芯片等等多种甲基化分析方法。

通过检测血液中的信息对患者肿瘤进行诊断与监测的方法称为液体活检。液体活检是目前在肿瘤精准医疗领域迅速发展的一种前沿技术，有取代传统组织活检的趋势。如果能够利用DNA甲基化位点进行液体活检，对肠癌的发生风险进行评估，无疑是一种简便可行的方法。

发明内容

本发明的主要目的是提供一种可用于肠癌液体活检的DNA甲基化标志物及其检测方法，用于检测该DNA甲基化标志物的引物对、以及应用该DNA甲基化标志物检测的试剂盒，旨在能够利用DNA甲基化位点进行液体活检，对肠癌的发生风险进行评估，且该方法简便可行。

为实现上述目的，本发明提出的可用于肠癌液体活检的DNA甲基化标志物，所述DNA甲基化标志物是SHOX2基因中chr3:157821233-157821604位之间的CpG位点，所述DNA甲基化标记物的甲基化程度指示受试者肠癌发生的情况。

可选地，所述DNA甲基化标志物是SHOX2基因中chr3:157821303-157821353位之间的CpG位点。