[发明专利]生物信息分析工具的制作方法、装置及可存储介质

说明书

本发明公开了一种生物信息分析工具的制作方法、装置及可存储介质。其中方法包括解析一生物信息的分析流程，建立至少两个相互独立的分析步骤及任意分析步骤的实施次序；根据分析步骤配置分析模块及分析模块的输入数据流、输出数据流及参数文件；配置分析模块实施分析步骤的执行程序；在实施次序中相邻的两个分析模块之间，配置在先次序的分析模块的输出数据流与在后次序的分析模块的输入数据流具有同一接口标准，根据不同的接口标准建立所有分析模块的交互链接及执行顺序。根据分析模块的执行程序、参数文件，以及任意分析模块的交互链接、执行顺序制作生物信息分析工具。本发明能够快捷、高效的建立具有良好复用性的模块化生物信息分析工具。

技术领域

本发明涉及生物信息技术分析领域，具体而言，涉及一种生物信息分析工具的制作方法、装置及可存储介质。

背景技术

随着测序技术的发展，相关测序数据正在以超莫尔定律的速率增长，服务测序数据的生物信息软件被广泛开发。

由于需要处理的测序数据较多，造成当前生物信息软件的业务流程及源码的实现质量较差；那么，提供具有良好的可读性、复用性及可移植性的生物信息分析工具十分重要。

发明内容

本发明实施例至少提供一种生物信息分析工具的制作方法，能够根据不同的生物信息快捷、高效的建立具有良好复用性的分析工具。

上述实施例的具体实现，如下所述。

所述方法包括：

解析一生物信息的分析流程，建立至少两个相互独立的分析步骤及任意所述分析步骤的实施次序；

根据所述分析步骤配置分析模块及所述分析模块的输入数据流、输出数据流及参数文件；

配置所述分析模块实施所述分析步骤的执行程序；

在所述实施次序中相邻的两个所述分析模块之间，配置在先次序的分析模块的输出数据流与在后次序的分析模块的输入数据流具有同一接口标准，根据不同的所述接口标准建立所有分析模块的交互链接及执行顺序。

根据所述分析模块的执行程序、参数文件，以及所有所述分析模块的交互链接、执行顺序制作所述生物信息分析工具。

在本实施例中较佳方案是，根据所述分析流程分别建立若干独立的所述实施次序。

在本实施例中较佳方案是，所述输入数据流至少包括原始数据、样本名称、接头信息及日志文件中的一种或多种；

在本实施例中较佳方案是，所述输出数据流至少包括输出路径和/或缓存路径。

在本实施例中较佳方案是，所述参数文件为存储在所述分析模块中config接口的建库类型、最小长度及滑动窗口尺寸中的一种或多种。

在本实施例中较佳方案是，所述方法包括：

解析一生物信息的分析流程，建立至少两个相互独立的分析步骤及任意所述分析步骤的实施次序；

根据所述分析步骤配置分析模块及所述分析模块的输入数据流、输出数据流及参数文件；

应用nextflow根据任意所述分析模块之间的实施次序建立一工作流程框架；

在所述工作流程框架内分别匹配不同分析模块的process；

根据所述分析步骤配置实施所述的process的nextflow脚本程序；

根据参数文件在所述process的config接口设置实施参数；