[发明专利]一种通过函数拟合确定DNA片段临界聚乙二醇浓度的系统及方法在审
申请号: | 201811036503.9 | 申请日: | 2018-09-07 |
公开(公告)号: | CN109022268A | 公开(公告)日: | 2018-12-18 |
发明(设计)人: | 柏锦程;张振 | 申请(专利权)人: | 南京微略生物科技有限公司 |
主分类号: | C12M1/38 | 分类号: | C12M1/38;C12M1/36;C12M1/34;C12M1/00;C12N15/10 |
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地址: | 210000 江苏省南京市霞区仙林街*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 聚乙二醇 函数拟合 控制模块 紫外分光光度计 自动化水平 磁分离架 多组数据 含磁颗粒 函数关系 凝胶电泳 曲线拟合 数据来源 数据信息 运行参数 自动能力 磁颗粒 干燥箱 离心管 容器箱 真空泵 震荡仪 节约 涡旋 羧基 耗时 直观 应用 | ||
1.一种通过函数拟合确定DNA片段临界聚乙二醇浓度的系统,其特征在于:包括:控制模块(1)、PCR扩增仪(2)、容器箱(3)、涡旋震荡仪(4)、磁分离架(5)、真空泵(6)、干燥箱(7)、紫外分光光度计(8)、羧基磁颗粒(9)、离心管1(10)、离心管2(11),所述控制模块(1)为整个系统的控制中心,与容器箱(3)、涡旋震荡仪(4)、磁分离架(5)、真空泵(6)、干燥箱(7)、紫外分光光度计(8)相连,控制其启停、运行参数以及反馈信息;所述PCR扩增仪(2)为普通扩增仪,与容器箱(3)通过管道相连,相对独立运行,不受控制模块(1)的控制;所述涡旋震荡仪(4)与控制模块(1)相连,其震荡强度和时间由控制模块(1)控制;所述磁分离架(5)与控制模块(1)相连,其运行受控制模块(1)控制;所述真空泵(6)与控制模块(1)相连,其工作负压和时间由控制模块(1)控制;所述干燥箱(7)为恒温烘箱,与控制模块(1)相连,干燥温度和时间受控制模块(1)控制;所述紫外分光光度计(8)与控制模块(1)相连,向控制模块(1)传递测定结果;所述羧基磁颗粒(9)表面的羧基含量约为110μmol/g,其水力粒径约为1μm,且表面的Zeta电位为42.0±0.5mv,装于容器箱(3)内;所述离心管1、2(10、11)为该系统的分析液承载容器,运作进程,人工将其移动到相应仪器位置。
2.根据权利要求1所述的一种通过函数拟合确定DNA片段临界聚乙二醇浓度的系统,其特征在于:所述容器箱(3)受控制模块(1)控制,其上部有两个以上隔板,将其分成不同区域,不同区域内装有羧基磁颗粒(9)、蒸馏水、准备好的DNA片段和聚乙二醇、NaCl、乙醇溶液、pH8.0的TE缓冲溶液,下部为溶液混合区,底部有溶液流出口。
3.一种通过函数拟合确定DNA片段临界聚乙二醇浓度的方法,其特征在于:所述方法包括:
(一)DNA片段准备:利用PCR扩增仪(2),以人类全血基因组或λDNA作为扩增模板,进行PCR扩增获得DNA片段,并通过与容器箱(3)相连的管道将其装入容器箱(3)内相应区域;
(二)DNA片段回收:确保所有沉淀的DNA都能吸附到羧基磁颗粒(9)表面,同时保持足够的DNA片段量,以确保在脱附过程中能够一次性脱附下来,保持脱附也中的核酸浓度在紫外分光光度计(8)以内,利用紫外分光光度计(8)测定回收的DNA片段浓度,并将结果反馈给控制模块(1),具体步骤如下:第一、对控制模块(1)进行设定,设定容器箱(3)内各种物质的混合比例和混合量,设定涡旋震荡仪(4)的震荡强度和时间,设定磁分离架(5)的磁分离时间,设定真空泵(6)的工作负压和时间,设定干燥箱(7)的干燥温度和时间;第二、将离心管1(10)管口与容器箱(3)底部的溶液流出口对接,容器箱(3)根据控制模块(1)的设定配制成混合溶液,并将其输入到离心管1(10)内;第三、将离心管1(10)放在磁分离架(5)上,按照控制模块(1)的设定,进行磁分离去除上清液;第四、再次将离心管1(10)与容器箱(3)底部的溶液流出口对接,此次按照控制模块(1)的设定,容器箱(3)向离心管1(10)注入乙醇,进行两次清洗,并用真空泵(6)去除乙醇,再通过干燥箱(7)恒温干燥去除残留乙醇;第五、再次将离心管1(10)与容器箱(3)底部的溶液流出口对接,在控制模块(1)的设定下,容器箱(3)向离心管1(10)加入pH8.0的TE缓冲溶液,并在涡旋震荡仪(4)充分震荡后,在干燥箱(7)内进行恒温脱附DNA;第六、将离心管1(10)放入磁分离架(5),按照控制模块(1)的设定进行磁分离以去除磁颗粒,把脱附后的溶液移至离心管2(11)中;第七、通过紫外分光光度计(8)测定脱附溶液对260nm光线的吸收情况来测定其中的DNA浓度,并将测定结果反馈给控制模块(1);
(三)函数拟合去顶临界聚乙二醇浓度:重复多次调整控制模块(1)设定,仅改变聚乙二醇浓度,保持其他参数不变,回收不同聚乙二醇浓度下的DNA片段,并通过紫外分光光度计(8)进行浓度测定,将结果反馈给控制模块(1),控制模块(1)会根据反馈回的浓度绘制出回收的DNA浓度与聚乙二醇浓度的关系曲线,并进行曲线拟合,得到二者之间的函数关系式,通过该函数关系式计算得出临界聚乙二醇浓度。
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