[发明专利]一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法

权利要求书

1.一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

(1)对植物样品进行甲醛交联获得交联后的物料，所述甲醛交联步骤包括：将植物样品与预冷的交联体系混合后置于冰上真空孵育30-40min进行甲醛交联，孵育结束后加入甘氨酸终止交联；

(2)液氮研磨和裂解液并行裂解交联后物料，使裂解细胞释放细胞染色质并收集细胞染色质；细胞染色质依次经SDS灭活内源酶、经MboI核酸内切酶酶切打断获得酶切后物料；所述MboI核酸内切酶的浓度为5000units/mL，所述酶切反应条件为：900rpm，37℃孵育过夜；

(3)用生物素标记的碱基对所述酶切后物料进行粘性末端补平，获得末端补平后DNA；

(4)对所述末端补平后DNA进行DNA分子内连接获得分子内连接后物料；

(5)解交联分子内连接后物料并去除未连接的末端生物素，获得纯化的DNA，超声波随机打断DNA成利于测序的片段大小从而获得DNA测序文库。

2.根据权利要求1所述的一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，所述灭活内源酶的步骤包括：

(1)取液氮研磨样品1g，加入50mL预冷的NIB裂解液，置于冰上，混匀；

(2)将1层预冷的神奇滤布置于预冷的细胞筛上，过滤样本，滤液置于离心管中；

(3)4℃3000g离心15min收集裂解物；弃上清，重悬沉淀于500μL的1.2×NEBuffer 2.1；4℃2500g离心5min，弃上清；

(4)重悬沉淀于100μL的1.2×NEBuffer 2.1，每管溶解染色质添加1.5μL20％的SDS，吹打混匀，重悬所有细胞碎片并避免形成泡沫；

(5)依次65℃900rpm孵育10min、37℃900rpm孵育30min，并立即放置冰上，瞬时离心以移除管盖液体。

3.根据权利要求2所述的一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，SDS采用Triton X-100中和，SDS中和的具体方法为：向步骤(5)中获得的灭活内源酶体系中添加400μL的1×NEBuffer 2.1和70μL的20％TritonX-100，重悬细胞碎片并避免形成气泡，37℃950rpm震荡15min。

4.根据权利要求1所述的一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，所述步骤(3)中粘性末端补平的反应体系包括以下用量的各组分：酶切后物料500μL、NEBuffer 2.1(10×)10μL、10mM dATP 2.0μL、10mM dGTP2.0μL、10mM dTTP 2.0μL、5mMbiotin-14-dCTP 4.0μL、灭菌水65μL、5U/μLKlenow polymerase 15μL。

5.根据权利要求1所述的一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，所述步骤(4)中分子内连接反应体系包括以下用量的各组分：10％Triton X-100 1mL、10×T4ligation buffer 1mL、BSA(10mg/mL)100μL、H₂O 7.85mL、5U/μL T4DNA ligase 50μL。

6.根据权利要求1所述的一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，所述步骤(5)中去除未连接的末端生物素的反应体系包括以下用量的各组分：解交联后物料1μg、10x NEBuffer2.1 10μL、10mM dATP 1μL、3U/μLT4DNA Polymerase 1.67μL、水85.33μL。

7.根据权利要求1所述的一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，所述方法还包括捕获目的片段与文库扩增。