[发明专利]评估目标区域文库的建库污染程度的方法和优化文库构建的方法

权利要求书

1.一种评估目标区域文库的建库污染程度的方法，其特征在于，所述方法包括：

提供多个合成模板、真实样本和阴性样本作为建库起始材料，其中，所述合成模板是指根据所述目标区域的已知序列合成的模板序列，所述真实样本是指包含目标区域序列的样本，所述阴性样本是指不含任何核酸材料的样本；

在建库用多孔板上分别使用所述多个合成模板、真实样本和阴性样本进行文库构建，获得合成模板、真实样本和阴性样本的测序文库；

对所述测序文库进行上机测序获得所述合成模板、真实样本和阴性样本的测序数据，然后将所述测序数据比对到所述目标区域的参考序列，获得比对正确的有效数据；

根据所述合成模板、真实样本和阴性样本各自的所述有效数据，评估各文库的污染来源及其比例。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述评估各文库的污染来源及其比例包括如下至少一项：

（a）所述阴性样本的来源于所述合成模板、真实样本和其它来源的污染情况以及各自的比例；

（b）所述合成模板的来源于所述合成模板、真实样本和其它来源的污染情况以及各自的比例；和

（c）所述真实样本的来源于所述合成模板的污染情况以及各自的比例。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：将所述各文库的污染来源及其比例形成可视化的热图，以直观形象地表征所述污染来源及其比例。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阴性样本是指纯水或不含任何核酸材料的缓冲液，优选纯水。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标区域文库是免疫组库，优选T淋巴细胞受体β链免疫组库。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，每个所述合成模板分别是多种模板的混合模板，每种模板包括重排后的T淋巴细胞或B淋巴细胞受体基因的V基因参考序列和J基因参考序列随机组合形成的序列。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述建库用多孔板是96孔板或384孔板，优选96孔板；

优选地，所述阴性样本排布在所述96孔板或384孔板的对角线的反应孔中，所述合成模板、真实样本散布在对角线以外的其他反应孔中。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述文库构建是采用多重PCR的方法进行的文库构建。

9.一种评估免疫组库的建库污染程度的方法，其特征在于，所述方法包括：

提供多个合成模板、真实样本和阴性样本作为建库起始材料，其中，所述合成模板是指根据T淋巴细胞或B淋巴细胞受体基因的已知序列合成的模板序列，所述真实样本是指包含T淋巴细胞或B淋巴细胞受体基因序列的样本，所述阴性样本是指不含任何核酸材料的样本；

在建库用多孔板上分别使用所述多个合成模板、真实样本和阴性样本进行文库构建，获得合成模板、真实样本和阴性样本的测序文库；

对所述测序文库进行上机测序获得所述合成模板、真实样本和阴性样本的测序数据，然后将所述测序数据比对到所述T淋巴细胞或B淋巴细胞受体基因的参考序列，获得比对正确的有效数据；

根据所述合成模板、真实样本和阴性样本各自的所述有效数据，评估各文库的污染来源及其比例。

10.一种优化目标区域文库构建的方法，其特征在于，所述方法包括采用权利要求1-9任一项所述的方法评估目标区域文库的建库污染程度，以确定主要污染来源；然后根据所述主要污染来源优化建库步骤以消除或减弱所述主要污染来源。