[发明专利]一种云芝木糖苷转移酶的分离及应用在审
申请号: | 201811137547.0 | 申请日: | 2018-09-28 |
公开(公告)号: | CN109326326A | 公开(公告)日: | 2019-02-12 |
发明(设计)人: | 朱丽萍;杨松 | 申请(专利权)人: | 青岛农业大学 |
主分类号: | G16B30/10 | 分类号: | G16B30/10;G16B25/00 |
代理公司: | 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙) 11350 | 代理人: | 汤东凤 |
地址: | 266109 山*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 糖苷转移酶 云芝 转录组 应用 分离和纯化 测序分析 产物分析 代谢组学 功能活性 基因定位 酶学性质 目的基因 基因组 潜在的 基因 真菌 种木 同源 克隆 筛选 分析 研究 | ||
1.一种云芝木糖苷转移酶的分离及应用,其特征在于:
步骤1,对云芝基因组利用antismash软件进行产物分析以及糖苷转移酶同源分析,筛选潜在的目的基因;
步骤2,利用转录组测序分析,进一步对目的木糖苷转移酶基因进行定位;
步骤3,木糖苷转移酶基因的克隆、表达、分离和纯化;
步骤4,木糖苷转移酶功能活性鉴定。
2.按照权利要求1所述一种云芝木糖苷转移酶的分离及应用,其特征在于:所述步骤1:对已测序的云芝基因组,利用生物信息学软件进行基因组扫描与预测分析,用antismash软件进行次级代谢产物基因簇的预测分析,找到与目标产物合成相关的基因簇,接着利用糖苷转移酶的同源序列比对相似度分析,对基因组内存在的与糖基转移相关的候选基因。
3.按照权利要求1所述一种云芝木糖苷转移酶的分离及应用,其特征在于:所述步骤2:选取单独液体培养的云芝菌丝球和共培养后分离的云芝菌丝球作为实验样本,分别进行转录组测序分析,分析转录组峰差异表达的基因,并进一步针对这些基因进行富集GO分析和KEGG代谢通路分析,进一步定位合成糖基转移酶相关的基因,结合步骤1的预测分析,最终确定目的合成基因。
4.按照权利要求1所述一种云芝木糖苷转移酶的分离及应用,其特征在于:所述步骤3:提取云芝基因组,利用cDNA进行目的基因的PCR克隆,利用pET表达性质粒在E.coli宿主中构建表达木糖基转移酶的重组菌株,IPTG诱导、纯化木糖基转移酶,构建体外木糖基转移酶检测系统,利用LC-MS检测产物的生成和底物消耗,测定转移酶对不同底物的Km和Kcat值。
5.按照权利要求1所述一种云芝木糖苷转移酶的分离及应用,其特征在于:所述步骤4:建立木糖基转移酶的同源建模和分子对接:通过PDB数据库,搜索结构相近的蛋白质作为建模模板,利用同源建模软件构建并优化目标蛋白整个结构模型,并对模型进行质量检测与评估;利用Autodock将各种底物与木糖基转移酶对接,通过ZINC数据库获取底物配体结构文件,选择对接靶点和合适的对接参数,分析对接结果。
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