[发明专利]卵子供体妊娠中胎儿非整倍性的无创检测

权利要求书

1.一种用于检测具有卵子供体妊娠的妊娠女性中胎儿非整倍性的存在或不存在的方法，所述方法包括：

询问来自含有母体无细胞DNA和胎儿无细胞DNA的母体样品的第一染色体的10个或更多个核酸区域，其中所述母体样品来自所述妊娠女性；

平均至少100次检测来自所述第一染色体的所询问的核酸区域；

测量来自所述第一染色体的所述核酸区域的等位基因的相对频率；

询问来自所述母体样品的第二染色体的10个或更多个选择的核酸区域；

平均至少100次检测来自所述第二染色体的所询问的核酸区域；

测量来自所述第二染色体的所述核酸区域的等位基因的相对频率；

通过定量卵子供体提供信息的基因座来计算所述母体样品中的胎儿无细胞DNA百分比，其中所述卵子供体提供信息的基因座为具有以下等位基因模式的核酸区域：怀孕母本是纯合的且胎儿是杂合的、怀孕母本是杂合的且胎儿是纯合的、或怀孕母本对于一个等位基因是纯合的且胎儿对于不同的等位基因是纯合的，并且其中所述胎儿无细胞DNA百分比通过以下1)或2)来确定：1)对来自两个或更多个基因座的低频率等位基因的频率求和，并除以高和低频率等位基因的频率的和；或2)通过对来自两个或更多个基因座的低频率等位基因的频率求平均值，并除以高和低频率等位基因的频率的平均值；

测量来自所述第一染色体的核酸区域的相对频率和来自所述第二染色体的核酸区域的相对频率；

鉴于使用所述母体样品中胎儿无细胞DNA百分比的第一非整倍性染色体或第二非整倍性染色体的预期的统计学存在，利用来自所述第一染色体的核酸区域的相对频率和来自所述第二染色体的核酸区域的相对频率提供胎儿非整倍性的存在或不存在的统计可能性。

2.根据权利要求1所述的方法，其中计算胎儿无细胞DNA百分比包括选择包含两个等位基因的卵子供体提供信息的基因座，并且其中在两个等位基因处，所述母体DNA和所述胎儿DNA是不同的。

3.根据权利要求1所述的方法，其中计算胎儿无细胞DNA百分比包括：

将第一组固定序列寡核苷酸引入所述母体样品，其在允许所述第一组固定序列寡核苷酸与第一多态的核酸区域的互补区域特异地杂交的条件下进行；

将第二组固定序列寡核苷酸引入所述母体样品，其在允许所述第二组固定序列寡核苷酸与第二多态的核酸区域的互补区域特异地杂交的条件下进行；和

连接杂交的寡核苷酸以生成与所述核酸互补的连续的连接产物。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述第一组固定序列寡核苷酸和所述第二组固定序列寡核苷酸包含通用引物区域。

5.根据权利要求3所述的方法，其中所述第一组固定序列寡核苷酸和所述第二组固定序列寡核苷酸包含相同的通用引物区域。

6.根据权利要求3所述的方法，其中所述第一组固定序列寡核苷酸包含第一通用引物区域，并且所述第二组固定序列寡核苷酸包含第二通用引物区域。

7.根据权利要求3所述的方法，还包括利用通用引物区域来扩增所述连续的连接产物以生成扩增产物。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述扩增包括对所述连续的连接产物的模板进行聚合酶链式反应(PCR)扩增。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述母体样品为母体血浆或血清。

10.根据权利要求1所述的方法，其中计算胎儿无细胞DNA百分比包括询问12个或更多个选择的多态的核酸区域。

11.根据权利要求10所述的方法，其中询问12个或更多个选择的多态的核酸区域包括询问至少20个或更多个核酸区域。

12.根据权利要求11所述的方法，其中询问20个或更多个选择的多态的核酸区域包括询问至少24个核酸区域。