[发明专利]卵子供体妊娠中胎儿非整倍性的无创检测

说明书

本申请涉及卵子供体妊娠中胎儿非整倍性的无创检测。本发明提供了用于确定来自具有卵子供体妊娠的妊娠女性的母体样品中的无细胞DNA的胎儿贡献百分比的测定系统和方法。还提供了利用样品中的确定的胎儿无细胞DNA百分比来确定母体样品中胎儿非整倍性的存在或不存在的统计可能性的测定系统和方法。

本申请是申请日为2013年12月17日，申请号为201380067192.1，发明名称为“卵子供体妊娠中胎儿非整倍性的无创检测”的申请的分案申请。

对相关申请的交叉引用

本申请要求于2012年12月19日提交的美国专利申请号13/720,273的权益，美国专利申请号13/720,273为于2011年12月28日提交的美国专利申请号13/338,963的继续部分申请，美国专利申请号13/338,963为于2011年12月9日提交的美国专利申请号13/316,154的继续部分申请，美国专利申请号13/316,154要求于2011年1月25日提交的美国临时专利申请号61/436,135的优先权，所有这些专利申请被转让给本发明的受让人并且通过引用并入本文。

发明领域

本发明涉及卵子供体妊娠中的遗传异常的诊断以及用于此类诊断的测定系统。

发明背景

在以下讨论中，为了背景和介绍的目的将描述某些文章和方法。本文包含的任何事物不被理解为对现有技术的“承认”。申请人明确地保留在适当的情况下表明本文引用的文章和方法基于适用的法定条款不构成现有技术的权利。

遗传异常导致大量的病理，包括由染色体非整倍性引起的病理(例如唐氏综合征)、在特定基因上的生殖系突变(例如，镰状细胞性贫血)、和由体细胞突变引起的病理(例如，癌症)。用于确定此类遗传异常的诊断方法已变成用于鉴定特定疾病和紊乱以及提供有关疾病来源和治疗选择的有价值的信息的标准技术。

例如，产前筛选和诊断在产前保健中被常规地提供并且被认为在允许妇女做出关于受遗传状况影响的妊娠的知情选择方面是重要的。产前诊断测试的常规方法目前要求利用通常地在11和14周妊娠之间的绒毛膜绒毛取样(CVS)或通常地在15周之后的羊膜穿刺术从子宫直接地取出胎儿细胞的样品用于遗传分析。但是，这些侵入性操作带有约1％的流产的风险。Mujezinovic和Alfirevic,Obstet Gynecol 2007；110:687-694。

尽管这些获得胎儿DNA的方法目前提供了用于产前诊断的金标准测试，但是很多妇女决定不经受侵入性测试，主要是因为其是令人不愉快的并且带有小但是显著的流产的风险。长期以来已在寻求用于无创产前诊断的可靠且方便的方法来减少该流产风险并允许更早的测试。尽管一些工作已利用从宫颈粘液获得的胎儿细胞研究(Fejgin MD等人,Prenat Diagn2001；21:619-621；Mantzaris等人,ANZJOG 2005；45:529-532)，但是大多数的研究集中于用于检测来自胎儿、存在于母体循环中的遗传元件的策略。已证实在妊娠期间在胎儿和母体之间有双向的流通(Lo等人,Blood1996；88:4390-4395)，并且多个研究已显示，完整的胎儿细胞和无细胞的胎儿核酸两者穿过胎盘并且在母体的血流中循环(参见例如Chiu RW和Lo YM,Semin Fetal Neonatal Med.2010年11月11日)。

特别地，鉴定非整倍性的最近的尝试已使用母体血液作为起始材料。此类努力已包括使用无细胞DNA以检测来自怀孕女性的样品中的胎儿非整倍性，包括利用大规模平行鸟枪测序(MPSS)来精确地定量来自三体性染色体的cfDNA片段的增加。但是，来源于胎儿非整倍性的染色体剂量直接地与胎儿cfDNA的比例有关。由于胎儿对母体样品的贡献的水平将改变用于计算胎儿染色体为非整倍体的风险需要检测的量，所以在样品之间胎儿核酸贡献的变化能因此使分析复杂化。