[发明专利]一种PLAG1基因SNP标记辅助快速检测黄牛生长性状的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种PLAG1基因SNP标记辅助快速检测黄牛生长性状的方法及其应用：以待测黄牛全基因组DNA为模板，PCR扩增黄牛PLAG1基因的部分片段；对扩增片段酶切后进行琼脂糖凝胶电泳，实现对黄牛PLAG1基因第48308位为CT的碱基多态性位点的检测；关联分析确定TC和CC基因型与黄牛生长性状密切相关，可作为分子遗传标记用于黄牛分子标记辅助选择育种中，从而加快建立遗传资源优良的黄牛种群。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种黄牛PLAG1基因单核苷酸多态性(SNP)的检测方法、检测试剂盒及其在黄牛分子育种中的应用。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心的学者Lander提出的一类遗传标记系统，就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸的变化而引起的多态性，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起。具有转换型的碱基变异的SNPs约占2/3。在任何已知或未知的基因内或附近都可能找到数量不等的SNPs，基因编码区内的SNPs(cSNPs)比较少，因为在外显子内的变异率仅占周围序列的1/5，但它在遗传病和育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。SNP作为新的遗传标记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多样性的研究。

分子育种，即分子标记辅助选择(molecular mark-assist selection,MAS)，是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，进而实现对畜禽的综合性状进行品种改良，它是利用现代分子生物学和传统遗传育种相结合的方法进行新品种选育。在畜禽育种中，通过与生长性状密切相关，并且紧密连锁的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。近年来发展了许多用于探寻分子遗传标记的方法，最常见的有单链构象多态技术(SSCP)、PCR-RFLP和直接测序技术等。

多形性腺瘤基因(pleomorphic adenoma gene,PLAG)家族作为锌指蛋白的新亚科，包括PLAG1、PLAGL1和PLAGL2 3个成员(Kas,1997)，三者在结构上高度同源，但各自具有不同的功能。PLAG家族3种蛋白可识别特定的DNA序列，因其N端的DNA结合域高度同源，而C端具有反式激活的功能域。PLAG家族蛋白虽然在结构上高度同源，但它们与DNA的结合能力导致它们的功能不同。PLAG1基因是最常见的存在于唾液腺的多形性腺瘤中的突变基因，它的作用与抑制基因p53相似，可调节细胞周期和细胞凋亡，并且与新生婴儿短暂性的糖尿病有一定关系。PLAGL1基因似乎起着抑制肿瘤抑制因子的作用，发现在乳腺和垂体肿瘤中发生突变，调节细胞凋亡和G1细胞周期停滞。PLAG1基因敲除小鼠表现出生长阻止的侏儒症状。已知的PLAG1基因的不同基因型影响IGF2的转录水平，PLAG1与IGF2第3启动子结合并激活转录，促进IGF2的转录表达，而IGF2在调节肌肉细胞的生长发育过程中具有重要作用，目前尚未见到SNP与PLAG1功能相关性的研究报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种PLAG1基因SNP标记辅助快速检测黄牛生长性状的方法及其应用，通过对黄牛PLAG1基因上与经济性状关联的SNP进行检测，加快具有优质经济性状的黄牛种群的建立。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种黄牛PLAG1基因SNP的检测方法，包括以下步骤：以待测黄牛(例如，皮南牛)全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，通过PCR扩增黄牛PLAG1基因的部分片段，对PCR扩增得到的片段用限制性内切酶SacⅡ进行酶切，然后进行琼脂糖凝胶电泳；根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛PLAG1基因中第48308位(参考序列为AC_000170.1)SNP位点的基因型。

优选的，所述引物对P为：

上游引物：5’-CCTTTGCCTGTTGCTTTCCC-3’；

下游引物：5’-GCGCGTATCAGTCAGGACAT-3’。