[发明专利]小麦常规品种纯度的SSR分子标记检测方法、引物组合及其应用

说明书

本发明属于农业生物技术领域，具体涉及用于小麦常规品种纯度的SSR分子标记检测方法、引物组合及其应用。本发明以审定小麦品种为材料，筛选适于区分无限扩大的审定小麦品种的SSR引物，以荧光毛细管电泳为主要检测平台，建立了规模化、高通量、快速、准确的小麦品种纯度SSR分子标记检测技术。

技术领域

本发明属于农业生物技术领域，具体涉及小麦常规品种纯度的SSR分子标记检测方法、引物组合及其应用。

背景技术

随着我国种植业粮食结构的调整和市场经济的发展，小麦精播用种量显著降低，生产上对种子质量和品种纯度提出了更高的要求。品种纯度是衡量种子质量的重要指标之一，现有的鉴定方法为田间小区种植鉴定、形态鉴定、生化法及醇溶蛋白法。田间种植鉴定占地面积大，费时费工，易受环境因素的影响，难以区别表型相近的个体。醇溶蛋白法具有速度快、费用低、操作简单等优点，但是醇溶蛋白仅由6个基因位点编码，基因位点少，对于分子量相近的组分难以分离，表达量低的醇溶蛋白不易识别等因素均降低了检测结果的准确性。

随着小麦基因组学和全基因组测序技术的迅猛发展，大量SSR(Simple SequenceRepeat,简单序列重复)标记被开发和利用。SSR标记因具有标记数量丰富、共显性遗传、不受鉴定周期和环境的影响、准确可靠、简单快速、成本低廉、稳定性好、易于自动化等优点。但是，SSR标记数量巨大，GrainGenes网站和日本小麦图谱网公布的SSR标记达2760余个，除此之外，其他学者发表的论文及研究成果中也公开了很多SSR标记。

我国育成小麦品种由于过度使用部分骨干小麦种质，造成育成小麦品种的同质化严重，遗传基础相对比较狭窄，大部分SSR标记在育成小麦品种中没有多态性或多态性较低。目前市场上高通量SSR基因分型平台的区分能力多在1bp以上，导致小麦中占比近50％的1bp基序SSR标记无法在品种鉴定中使用。

发明内容

本发明的目的在于提供小麦常规品种纯度的SSR分子标记检测方法。

本发明的再一目的在于提供检测小麦常规品种纯度用的SSR分子标记引物组合

本发明的再一目的在于提供SSR标记引物在小麦常规品种纯度检测中的应用。

根据本发明具体实施方式，用于常规小麦品种纯度鉴定的10对SSR引物组合的引物名称、SSR分子标记所在的染色体定位信息、等位变异扩增区间、引物序列及标记分组见表1：

表1品种纯度鉴定的SSR引物组合

标记荧光颜色相同的引物需要同时标记同一种荧光染料，标记的染料颜色可以根据所用毛细管电泳系统型号的发射和吸收波长选择。

根据本发明具体实施方式的小麦常规品种纯度的SSR分子标记检测方法，所述方法包括以下步骤：

(1)提取待测小麦品种的个体DNA；

(2)以步骤(1)提取的DNA为模板、使用表1所示SSR分子标记引物对进行PCR扩增；

(3)毛细管电泳检测；

(4)根据步骤(3)的电泳结果，判断待测小麦品种的纯度。

根据本发明具体实施方式的小麦常规品种纯度的SSR分子标记检测方法，步骤(4)中，首先判断变异位点是否为非纯合的SSR分子标记位点，将非纯合SSR分子标记位点排除后，若某一待测小麦个体中存在至少2个不同于其他多数待测个体的SSR分子标记位点，则判定所述待测小麦个体为杂株。

根据本发明具体实施方式的小麦常规品种纯度的SSR分子标记检测方法，步骤(4)中，当不同的待测小麦个体的同一个位点上携带两种等位变异或两种等位变异的杂合子，且随机分布在不同待测小麦个体中时，则判定所述位点为非纯合SSR分子标记位点。