[发明专利]一种鉴定西瓜果皮底色的CAPS分子标记及其应用

说明书

本发明的CAPS分子标记在墨绿色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，CAPS分子标记在绿色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。用于检测所述的CAPS分子标记的引物组，由如SEQ ID NO:3所示的上游引物序列和SEQ ID NO:4所示的下游引物序列组成。用该引物组鉴定西瓜果皮底色，包括以下步骤：基因组DNA提取，PCR扩增，BccI酶酶切，电泳判断。本发明的CAPS分子标记特异性高，对105份西瓜种质资源进行果皮底色的鉴定，结果显示，该分子标记对墨绿色和绿色果皮底色鉴定的准确率为100%，说明该分子标记可快速准确的鉴定西瓜果皮底色，加速育种进程。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种用于鉴定西瓜果皮底色的CAPS分子标记及其应用。

技术背景

在传统的植物育种过程中，由于难以获得植物后代的基因型，通常只能根据植物的表现型进行田间的筛选鉴定及后续的培育。这种选择耗时较长，容易受环境的影响，依赖于育种工作者的经验限制，导致育种时间较长且与基因型有偏离，选择效率低，选择准确性较差。分子标记辅助育种基于与相关基因连锁的分子标记或者基因本身特异性标记进行选择，效率高，准确性高，不受环境因素干扰，在生产上已经被证实是非常有经济效益的。通过分子标记辅助育种可快速的对目标性状的前景和遗传材料的背景进行选择，极大地提高选择效率，缩短育种时间。

西瓜是一种重要的园艺作物，作为世界十大水果之一在世界范围内广泛种植，我国是世界第一的西瓜生产和消费大国，加速西瓜产业育种过程具有重要的经济和生产意义。然而目前我国西瓜的育种过程仍以传统的与育种为主，可用于实际生产和育种的分子标记较少，育种效率较低，阻碍了西瓜的育种进程。早在上世纪三十年代末，Weetman(1937)等育种工作者就根据传统的遗传分析对西瓜果皮底色的遗传规律进行了预测。随着西瓜参考基因组的发布和高通量测序技术的发展，Yang(2015)通过构建遗传图谱的方法定位到三个独立的位点，提出了三点模型，及西瓜果皮颜色受三个独立的基因控制，即S(foregroundstripe) 控制果皮条纹，D(deep color vs.standard color)控制颜色深度，Dgo(background color)控制果皮背景颜色。西瓜绿色相关果皮底色(墨绿色、绿色)在西瓜品种中占主要地位，目前还未有关于区分墨绿色和绿色两种西瓜最常见果皮底色的分子标记的报道。

目前关于西瓜果皮底色的研究报道较少，西瓜果皮底色的选育工作主要还是通过传统的育种方法进行表型鉴定，效率低且易受环境影响。因此开展西瓜果皮底色的研究，开发与西瓜性状紧密连锁的分子标记，通过分子辅助育种可以极大地缩短育种工作的时间和提高育种选择的准确性。

发明内容

本发明目的在于提供一种可以快速准确地鉴定墨绿色和绿色果皮底色西瓜的CAPS 分子标记。本发明提供的分子标记具有检测方便、扩增产物稳定、特异性高的特点。

本发明的另一目的是提供一种检测上述标记的引物组。

本发明的再一目的是提供一种鉴定西瓜果皮底色的方法。

本发明的解决方案如下：

本发明提供一种鉴定西瓜果皮底色的CAPS分子标记，记为RC-1D，其在墨绿色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在绿色果皮底色西瓜中的核苷酸序列如SEQID NO:2所示。

本发明的CAPS分子标记RC-1D，在墨绿色和绿色果皮底色西瓜中的序列的395bp处存在一个G→C的SNP位点不同，本发明对比了大量西瓜品种的CAPS分子标记RC- 1D，结果证明其与果皮底色性状完全连锁，显示本发明提供的特异性分子标记RC-1D可用来鉴定西瓜墨绿色和/或绿色果皮底色。

因此，SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的特异性分子标记RC-1D在鉴定西瓜果皮底色中的应用在本发明的保护范围内。