[发明专利]一种基于表观基因组的药物发现方法及其应用

权利要求书

1.一种基于表观基因组的药物发现方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)获取疾病的病人样本及对照样本的DNA甲基化芯片数据，DNA甲基化芯片数据中的基因甲基化程度由β值表示；

(2)根据步骤(1)获得的疾病的病人样本及对照样本的DNA甲基化芯片数据，计算与疾病相关每个基因的差异甲基化值，其中，与疾病相关每个基因的差异甲基化值的计算方法为：将病人样本及对照样本的基因甲基化程度β值转化成基因甲基化M值，转化公式如下：

然后，将病人样本的基因甲基化M值取中值后，减去对照样本的基因甲基化M值的中值，得到与疾病相关每个基因的差异甲基化值；

(3)在STRING数据库中搜集人类基因间相互作用信息，选择综合打分在400以上的基因间相互作用，构建基因间相互作用网络；

(4)根据步骤(2)中与疾病相关每个基因的差异甲基化值和步骤(3)中的基因间相互作用网络，使用修订的PageRank算法对疾病基因按照重要性进行排序，对排名前100的基因进行疾病致病基因富集分析，再根据药物靶标关系，选择排名靠前的基因中的致病基因作为靶标进行药物发现。

2.如权利要求1所述的基于表观基因组的药物发现方法，其特征在于，所述步骤(4)中，修订的PageRank算法的公式如下：

其中，ex_i为基因的初始重要性；w_ij为基因间相互作用网络，如果基因i与基因j间有相互作用，那么w_ij＝1，否则为0；为第i个基因在第n-1次迭代后的值；deg_i为顶点i的出度；参数d(0≤d1)是一个常量，d为基因间相互作用关系在计算过程中的比重。

3.如权利要求1所述的基于表观基因组的药物发现方法，其特征在于，所述步骤(4)中，疾病致病基因来源于GAD、OMIM、Clinvar、Orphanet、DisGeNET、INTREPID、GWASdb和HGMD数据库，药物靶标关系来源于TCMID数据库。

4.如权利要求1所述的基于表观基因组的药物发现方法，其特征在于，所述步骤(4)中，疾病致病基因富集分析方法为超几何检验方法。

5.如权利要求1～4中任一项所述的基于表观基因组的药物发现方法在医药开发领域的应用。