[发明专利]黄瓜雌性SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供了黄瓜雌性SNP分子标记及其应用，即位于黄瓜Csa6M496990.1基因组第六号染色体如SEQ ID NO.3所示核苷酸序列第116位多态性为T/C的SNP1和第222位多态性为G/A的SNP2，通过一对引物对的扩增就可得到这两个变异位点的序列信息，用于黄瓜雌性系的辅助选择以及黄瓜分子标记辅助育种。该方法可替代传统的以表型观察判断的方法，使结果更加准确可靠。其在黄瓜苗期即可在室内进行，比在田间开花坐果期人工观察便捷，可用于大规模筛选育种材料，节约土地和成本，大大加速黄瓜育种进程。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体的说涉及黄瓜雌性SNP分子标记及其应用。

背景技术

黄瓜是我国主要栽培蔬菜之一。黄瓜雌性系品种的选育和利用是提高黄瓜产量的根本途径。另外，利用雌性系配制一代杂种，可大大降低制种成本，提高制种的纯度。但是，由于国内雌性种质的匮乏，和利用常规育种手段选育黄瓜雌性系存在周期长、效率低下的问题，影响了黄瓜雌性系育种的进程。而基于基因型选择的现代分子标记辅助育种技术，可以大大提高性状选择的效率，加速育种进程。

目前报道的黄瓜雌性系分子标记大都是基于乙烯合成和信号转导基因开发的，比如2016年申报的专利《黄瓜雌性性状相关的SNP标记与InDel标记及其应用》中即为利用乙烯合成酶基因和乙烯信号应答基因如受体基因来判断黄瓜的雌性与否，是一种间接判断的方式。

与以往的分子标记明显不同，本发明是基于黄瓜发育相关基因homeobox/Csa6M496990.1开发的雌性系分子标记。

发明内容

本发明在黄瓜雌性系及其近等基因系重测序的基础上，发现在黄瓜homeobox基因/Csa6M496990.1内部存在雌性相关SNP位点，并通过一对引物的扩增就可得到这些变异位点的序列信息，而且通过验证发现在不同遗传背景雌性材料中分析结果一致。因而，本发明能够用于黄瓜雌性系的辅助选择。

本发明的第一个目的是提供了黄瓜雌性SNP分子标记及其应用，本发明的另一目的是提供用于检测所述的与黄瓜雌性相关的SNP标记的引物及其检测方法。

一种黄瓜雌性SNP分子标记，包含第一分子标记SNP1和第二分子标记SNP2；

所述SNP1为含有位于黄瓜Csa6M496990.1基因组第六号染色体上如SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列的第116位多态性为T/C的分子标记；

所述SNP2含有位于黄瓜Csa6M496990.1基因组第六号染色体上如SEQ ID NO.3所示核苷酸序列的第222位多态性为G/A的分子标记。

一种用于检测上述SNP标记的引物对，所述引物对包括：具有SEQ ID NO.1-2所示的核苷酸序列，用于检测所述SNP标记。

进一步的，利用所述引物对获得的雌性系扩增产物序列为SEQ ID NO.3，非雌性系扩增序列为SEQ ID NO.4。

本发明还提供所述黄瓜雌性SNP分子标记或其引物在鉴定黄瓜雌性性状中的应用。

一种鉴定黄瓜雌性性状的方法，包括如下步骤：

1)提取待测黄瓜基因组的DNA；

2)以待测黄瓜的基因组DNA为模板，利用所述引物对SEQ1和SEQ2进行PCR扩增反应；

3)分析扩增产物的SNP位点，SNP1均为T，SNP2均为G对应黄瓜雌性性状，SNP1均为C，SNP2均为A对应黄瓜非雌性性状。

进一步的，所述步骤2)中的PCR扩增反应体系为：10ng/μl DNA模板1μl，10pmol/μl引物各1μl，10mmol/L dNTPmix 0.5μl，TaqDNA聚合酶1ul，10×PCR反应缓冲液2.5μl，余量为超纯水，补齐至25μl；