[发明专利]一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法

权利要求书

1.一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)多指标信息矩阵创建步骤：考虑具体的突变位点情况同时也结合个体的相关表型如性别、患病状态信息，将这些信息构建成矩阵以便于对变异位点有针对性的进行相应的遗传模式进行分析；

(2)遗传模式判断步骤：根据多指标信息矩阵对trio家系的突变遗传模式进行相应的判断，可判断的遗传模式包括：常染性体显隐性遗传模式、X-linked显隐性遗传模式、复合杂合突变遗传模式、新生突变遗传模式；

(3)结果信息整合步骤：trio家系个体的突变类型，突变频率，遗传模式，突变注释等多类信息，以便后续进一步的信息挖掘；

所述步骤(1)具体为：

1)表型信息分类：对个体的患病状态进行分类标识，以用于辅助筛选相应的可能致病突变位点；

2)性别信息标识：对个体的患病状态进行标识，以用于后续突变位点的遗传模式进行判断；

3)创建突变位点矩阵：对多个个体的突变位点信息进行比较，生成一个突变矩阵，以用于后续的突变模式的判断；

所述步骤(2)当中，所述常染性体显性遗传模式的判断具体为：

1)常染性体显性遗传模式；

2)提取常染色体区域外显子和外显子剪切区域非同义突变；

3)筛选患者中所有杂合或者纯合位点；

4)保留所有正常个体中没有出现的变异位点；

5)进一步筛选父母至少一方有变异的位点；

6)获取候选有害变异位点；

所述步骤(2)当中，所述常染性体隐性遗传模式的判断具体为：

1)提取常染色体区域外显子和外显子剪切区域非同义突变；

2)筛选患者中所有纯合位点；

3)保留所有在正常个体中为0/1|0/0的突变位点；

4)保留在父母亲中都为0/1的突变位点；

5)获取候选有害变异位点；

所述步骤(2)当中，所述复合杂合突变遗传模式的判断具体为：

1)提取常染色体区域外显子和外显子剪切区域非同义突变；

2)筛选患者中所有杂合位点；

3)保留至少有2个杂合突变位点的基因；

4)排除在正常个体中出现的杂合位点；

5)排除在父母亲都没有相应突变的位点；

6)排除只有一个突变位点的基因；

所述步骤(2)当中，所述X-linked隐性遗传模式的判断具体为：

1)提取X染色体区域外显子和外显子剪切区域非同义突变；

2)筛选患者中所有纯合位点或者半纯合位点；

3)保留在正常女性个体中突变类型为0/0|0/1的位点；

4)保留在正常男性中突变类型为0的位点；

5)保留所有的变异都在父母亲中存在的位点；

6)如果患者为女性，父亲正常，则此类变异位点排除；

所述步骤(2)当中，所述X-linked显性遗传模式的判断具体为：

1)提取X染色体区域外显子和外显子剪切区域非同义突变；

2)筛选患者中所有杂合位点或者半纯合位点；

3)保留在正常女性个体中突变类型为0/0的位点；

4)保留在正常男性中突变类型为0的位点；

5)如果患者为女性，双亲正常，或者患者为男性，母亲正常，则这些位点排除；

所述步骤(2)当中，所述新生突变遗传模式的判断具体为：

1)提取染色体区域外显子和外显子剪切区域非同义突变；

2)筛选患者中所有纯合位点或者半纯合位点；

3)保留在正常个体中为0/0|0的突变位点；

4)保留在子代个体中仅有一个个体出现的变异位点；

5)排除在其它患者中也出现的突变位点。