[发明专利]一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法

说明书

本发明公开了一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法，其特征在于，包括多指标信息矩阵创建步骤，遗传模式判断步骤，结果信息整合步骤。本发明的分析方法不仅考虑具体的突变位点情况同时也结合个体的相关表型如性别、患病状态信息对变异位点有针对性的进行相应的遗传模式进行分析，通过多个指标综合进行分析，使得致病突变位点遗传模式判断更加准确。本发明的分析方法的流程对trio家系的突变遗传模式判断包括6类：常染性体显隐性遗传模式以及X‑linked显隐性遗传模式、复合杂合突变以及新生突变，判断种类全面。给出trio家系个体的多个指标信息。所有分析流程集成化，一键化操作可出结果，无需繁杂的操作步骤。

技术领域

本发明属于生物信息数据处理领域，主要是一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法。

背景技术

单基因遗传病，也称孟德尔遗传病，是指由单个或单对等位基因突变导致的疾病，主要由遗传因素决定，在群体中的发病率较低。单基因遗传病根据遗传模式不同，通常分为常染色体显性、常染色体隐性、X伴性显性、X伴性隐性、Y伴性遗传病五种。绝大多数的单基因遗传病是由基因所编码的蛋白质的质和/或量的改变引起的，通过对高通量测序数据分析，可以发现与疾病相关的变异。因此对突变的遗传模式进行分析，对致病机理的理解以及疾病的预防和治疗具有重要意义。

现有的有关突变遗传模式的判断软件存在如下问题：

遗传模式判断单一：现有很多方法大都根据样本突变位点类型进行突变遗传模式判断，忽视了个体的具体相关表型；

缺少综合信息评估分析：目前分析流程在判断突变遗传模式上没有结合对照类型，如对照的性别，患病状态，数目等具体进行判断；

结果展示单一：分析结果中表格个体的突变类型，突变频率以及其他对照个体的突变情况没有进行相应的展示，不能显著性的帮助后期的应用。

发明内容

为了解决现有技术存在的上述问题，本发明的目的在于提供一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法。

为了实现本发明的目的，所采用的技术方案是：一种基于二代高通量测序的trio家系遗传突变模式的分析方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)多指标信息矩阵创建步骤：考虑具体的突变位点情况同时也结合个体的相关表型如性别、患病状态信息，将这些信息构建成矩阵以便于对变异位点有针对性的进行相应的遗传模式进行分析；

(2)遗传模式判断步骤：根据多指标信息矩阵对trio家系的突变遗传模式进行相应的判断，可判断的遗传模式包括：常染性体显隐性遗传模式、X-linked显隐性遗传模式、复合杂合突变、新生突变；

(3)结果信息整合步骤：trio家系个体的突变类型，突变频率，遗传模式，突变注释等多类信息，以便后续进一步的信息挖掘。

在本发明的一个优选实施例中，所述步骤(1)具体包括：

1)表型信息分类：对个体的患病状态进行分类标识，以用于辅助筛选相应的可能致病突变位点；

2)性别信息标识：对个体的患病状态进行标识，以用于后续突变位点的遗传模式进行判断；

3)创建突变位点矩阵：对多个个体的突变位点信息进行比较，生成一个突变矩阵，以用于后续的突变模式的判断。

在本发明的一个优选实施例中，所述步骤(2)当中，所述常染性体显性遗传模式的判断具体包括：

1)常染性体显性遗传模式；

2)提取常染色体区域外显子和外显子剪切区域非同义突变；

3)筛选患者中所有杂合或者纯合位点；

4)保留所有正常个体中没有出现的变异位点；