[发明专利]一种低丰度蛋白质翻译后修饰组的直接质谱检测方法

说明书

本发明涉及一种基于模拟靶向的低丰度蛋白质翻译后修饰组质谱检测方法。该方法首先使用数据依赖质谱采集模式获得的鉴定结果，从中挑选样品中潜在的、低丰度低可信度的发生翻译后修饰的多肽并构建靶标清单；再使用靶向蛋白质组技术中的平行反应监测模式，有效排除其它高丰度蛋白质、多肽的质谱检测干扰，提高低丰度的修饰肽段在质谱内的累积程度，实现目标肽段的高通量、高灵敏度检测。该方法基于质谱靶向技术实现了修饰肽段在质谱内一站式筛选、富集、鉴定的在线分析过程，无需复杂的样品预富集，可以避免多步样品前处理过程带来的样品损失，结合高分辨质谱的筛选效应，进行微量复杂样品中修饰肽段的高灵敏度、高可信检测。

技术领域

本发明属于蛋白质组学研究方向质谱采集方法领域，具体涉及基于发现模式的数据依赖型质谱数据采集方法和基于靶向模式的平行反应监测质谱数据采集技术的联用，不需富集处理即可实现微量复杂生物样品中低丰度肽段、磷酸肽的在线分析。

背景技术

“鸟枪法”是目前蛋白质组学研究的主流方法，复杂蛋白质组样品首先被酶(主要是胰蛋白酶)酶解成肽段混合物，然后用一维或者多维分离技术对酶解产物进行分离，并用串联质谱进行数据依赖模式(Data dependent acquisition，DDA)的采集检测；利用所获得的串联质谱谱图，通过数据库检索来匹配肽段从而鉴定蛋白(文献1.Yates,J.R.,TheRevolution and Evolution of Shotgun Proteomics for Large-Scale ProteomeAnalysis.J Am ChemSoc,2013,135(5)，1629-1640.)。然而这种方法也存在着一定问题，复杂的蛋白质组样品经过酶解后形成肽段混合物，样品的复杂度成指数增长。因此来源于高丰度蛋白的大量冗余肽段将会干扰低丰度肽段的采集和检测(文献2.Nahnsen,S.；Kohlbacher,O.BMC Bioinformatics 2012,13.)。除此之外，在常规的数据依赖采集(DDA)模式中，一张Full MS一级谱图能够全扫同时被洗脱的多个母离子，随后相对丰度最高的几个或十几个母离子被送往碰撞池进行碎裂以及碎片离子二级谱的采集(文献3.Peterson,A.C.；Russell,J.D.；Bailey,D.J.；Westphall,M.S.；Coon,J.J.MolecularCellularProteomics 2012,11,1475-1488.)。因此，此种数据依赖采集模式有高丰度倾向，对低丰度肽段的采集不利。