[发明专利]一种鉴定甜瓜性型InDel分子标记及其引物和应用

说明书

本发明公开了鉴定甜瓜性型的InDel分子标记及其引物和应用，属于分子检测技术领域。所述InDel分子标记InDel_msPr100位于甜瓜第2号染色体上，大小为127bp，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，若该序列自5’起第28碱基至第40碱基之间的GACAAATTTGAAC片段缺失，获得如SEQ ID NO.2所示核苷酸序列，则会引起甜瓜的单性花向两性花的性型改变。所述Indel分子标记InDel_msPr100可直接用于甜瓜性型分子标记辅助育种体系的建立。根据Indel分子标记InDel_msPr100设计的引物扩增可以在苗期快速准确鉴定出甜瓜的性型，为甜瓜性型分子育种提供技术支持，与同类标记技术相比，本发明具有简单准确，不需要酶切等优点。

技术领域

本发明属于分子检测技术领域，具体涉及一种鉴定甜瓜性型InDel分子标记及其引物和应用。

背景技术

甜瓜(Cucumis melo L.)属葫芦科甜瓜属,是我国重要的经济作物。甜瓜的性型分为7种：雌雄异花同株、雄全同珠、两性花株、雌全同珠、三性花株和全雌系。由于性型多样,成为研究高等植物性别表达的典型材料。甜瓜性别表达的研究对瓜类以及其他作物的育种和栽培具有重大的理论意义和应用价值。现有研究结果表明，甜瓜的性型主要有三个基因调控。Boualem等(2008)利用染色体步移技术克隆到甜瓜a基因,并发现了一个共分离的SNP位点A57V。a基因编码一个乙烯合成酶基因CmACS-7。CmACS-7通过CmACS-7体外酶活性试验验证发现，CmACS-7在雌花发育的两性期抑制雄蕊原基发育。Boualem等(2015)提出的甜瓜与黄瓜的性别决定路径模型中提出，位于路径的上游CmACS11控制雌花发育，位于路径中游的CmWIP1控制雄花发育，位于路径下游的CmACS-7控制单花发育为雌花还是两性花。

根据中国专利文献CN103866005A研究报道，栾非时等开发出了鉴定甜瓜a基因酶切分子标记和鉴定甜瓜g基因的G、g基因的双引物鉴定分子标记，但技术步骤较为繁琐，鉴定效率低且成本较高；中国专文献CN108239675A中，刘莉等开发出鉴定甜瓜单性花和两性花材料的InDel分子标记TJcM02，连锁紧密性和稳定性低。因此，亟待开发一种与甜瓜性型紧密连锁的、易于操作的、鉴定效率高的、成本较低的分子标记，以期可以对性型育种的促进具有重大意义。

发明内容

本发明主要解决现有的甜瓜性型鉴定的CAPS等分子标记技术成本高、操作繁琐等的缺点，提供一种鉴定甜瓜性型InDel分子标记和应用，以期在苗期准确快速地筛选出甜瓜单性花株或两性花株，为甜瓜分子辅助育种选择提供技术基础。

本发明的目的通过以下技术方案实现：

研究筛选出鉴定甜瓜性型的InDel分子标记，命名为InDel_msPr100，大小为127bp，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

5’-AATGAAAATTTTGGTTTAATGGGAGGAGACAAATTTGAACGACAAATTTTCT TAGTAACTTACGATATGATCACTAACTAATTTATTCTAGGTTGGGGGTTTGAACCTCTCTCAACTTTGTGCTCAT-3’(SEQ IDNO.1)

申请人通过研究，对甜瓜性型性状进行了QTL定位，筛选获得了与之紧密连锁的分子标记，记名为InDel_msPr100。通过测序发现，如果这段序列如SEQ ID NO.1所示，则相应的甜瓜性型表现为单性花株。如果SEQ ID NO.1所示序列自5’起第28碱基至第40碱基之间的GACAAATTTGAAC片段缺失(下双划线部分)，获得大小为114bp如SEQ ID NO.2所示序列，则相应的甜瓜表现为两性花株。