[发明专利]一种病原体感染损伤机理解析方法及装置

说明书

本发明实施例提供的一种病原体感染损伤机理解析方法及装置，属于基因数据处理领域。该方法包括：获取多个基因沉默后的全基因组表达数据；获取所述全基因组表达数据所对应的基因表达秩序列；获取多种不同病原体感染后的全基因组表达谱数据；基于所述全基因组表达谱数据构建所述病原体感染的印记基因集；获取所述基因表达秩序列与所述印记基因集的富集分数；根据所述富集分数确定所述病原体感染的损伤机理，从而融合了海量各类跨平台的转录组大数据，无需从头培养病原体并感染细胞，做大规模的实验，进而降低了研发低成本、缩短了检测周期。并且减少了实验误差，使得对病原体感染的损伤机理的分析更加精确。

技术领域

本发明涉及基因数据处理领域，具体而言，涉及一种病原体感染损伤机理解析方法及装置。

背景技术

目前现有的差异表达基因分析通过分析未知病原体感染造成的基因表达差异，然后针对差异表达倍数变化最大的基因来解析未知病原体感染的损伤机理，然而需要从头培养病原体并感染细胞，做大规模的实验，费时费力，并且单个基因的分析可能会遗漏一些重要的通路，或者是不同的研究机构关于相同的生物系统得出的差异表达基因只有很少的重复。

发明内容

本发明实施例提供的一种病原体感染损伤机理解析方法及装置，可以解决现有技术中存在的解析未知病原体感染的损伤机理时需要费时费力的技术问题。

为了实现上述目的，本发明实施例采用的技术方案如下：

第一方面，本发明实施例提供的一种病原体感染损伤机理解析方法，包括：获取多个基因沉默后的全基因组表达数据；获取所述全基因组表达数据所对应的基因表达秩序列；获取多种不同病原体感染后的全基因组表达谱数据；基于所述全基因组表达谱数据构建所述病原体感染的印记基因集；获取所述基因表达秩序列与所述印记基因集的富集分数；根据所述富集分数确定所述病原体感染的损伤机理。该方法融合了海量各类跨平台的转录组大数据，使得无需从头培养病原体并感染细胞，做大规模的实验，来分析病原体感染的损伤机理，进而降低了研发低成本、缩短了检测周期。并且减少了实验误差，使得对病原体感染的损伤机理的分析更加精确。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第一种可能的实施方式，所述获取多个基因沉默后的全基因组表达数据，包括：从LINCS数据库获取多个基因沉默后的全基因组表达数据。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第二种可能的实施方式，所述基于所述全基因组表达谱数据构建所述病原体感染的印记基因集，包括：获取所述全基因组表达谱数据所对应的差异表达量；按照所述差异表达量从高到低将所述全基因组表达谱数据所对应的基因从上到下排列，得到秩序列；从所述秩序列顶部与底部获取多个基因；将所述多个基因作为所述病原体感染的印记基因集。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第三种可能的实施方式，所述根据所述富集分数确定所述病原体感染的损伤机理，包括：确定所述富集分数是否为正数；若是，根据所述富集分数确定所述基因沉默的细胞反应和所述病原体感染损伤的细胞反应一致。

结合第一方面的第三种可能的实施方式，本发明实施例提供了第一方面的第四种可能的实施方式，所述确定所述富集分数是否为正数，包括：确定所述印记基因集中的目标基因子集合是否位于所述基因沉默下的所述基因表达秩序列的对应位置；若是，则确定所述富集分数为正数。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第五种可能的实施方式，所述根据所述富集分数确定所述病原体感染的损伤机理，包括：以所述富集分数为权重构建所述基因沉默所使用的基因和所述病原体感染所使用的病原体之间的关联网络；获取所述关联网络中所有所述富集分数最高的关联关系，所述关联关系用于表征所述基因和所述病原体感染所使用的病原体之间的关系；根据所述关联关系确定所述病原体感染的损伤机理。