[发明专利]源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因在审
| 申请号： | 201811530001.1 | 申请日： | 2018-12-14 |
| 公开（公告）号： | CN109576382A | 公开（公告）日： | 2019-04-05 |
| 发明（设计）人： | 程项雨;贺丽生 | 申请（专利权）人： | 中国科学院深海科学与工程研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/689 | 分类号： | C12Q1/689;C12Q1/04;C12Q1/6869;C12N15/11 |
| 代理公司： | 广州三环专利商标代理有限公司 44202 | 代理人： | 陈欢 |
| 地址： | 570100 海南省*** | 国省代码： | 海南;46 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 共生菌 肠道 高变区 基因序列 基因 肠道微生物群落 核苷酸序列 短脚 双眼 地理位置 | ||
1.源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，其特征在于，所述基因源于马里亚纳或雅浦深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3-V4高变区；源于马里亚纳深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3-V4高变区的基因序列如SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:30所示，源于雅浦深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3-V4高变区的基因序列如SEQ ID NO:31至SEQ ID NO:60所示。
2.根据权利要求1所述的源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，其特征在于，所述深渊为7500～8500m深渊。
3.根据权利要求1所述的源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，其特征在于，所述钩虾为短脚双眼钩虾。
4.根据权利要求1所述的源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，其特征在于，所述基因的获取方法为：
(1)捕获马里亚纳和雅浦深渊钩虾，然后进行组织解剖，取出肠道组织；
(2)利用细菌通用引物对样品总DNA进行16S rRNA V3-V4高变区PCR扩增，扩增片段长度460bp；反应结束后，电泳检测扩增片段的大小和浓度，回收PCR产物；
(3)基因组建库和高通量测序；
(4)将测序得到的原始数据进行质量过滤，得到高质量序列，然后将高质量序列划分为操作分类学单位OTU；选取在每个OTU里出现频率最高的序列作为代表性序列；
(5)对OTU的代表性序列进行信息学分析，筛选得到权利要求1所述的基因序列。
5.根据权利要求4所述的源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，其特征在于，在扩增的同时，含6个核酸的标签序列被添加到扩增产物的5'端，以用于后续每个样品的数据拆分。
6.根据权利要求4所述的源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，其特征在于，PCR反应程序为：98℃预变性10s；98℃变性10s，48℃退火15s，72℃延伸30s，循环30次，最终72℃延伸5min。
7.根据权利要求1所述的源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，其特征在于，所述基因还用于区分马里亚纳和雅浦海沟8000m深渊钩虾Hirondellea gigas。
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