[发明专利]源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因

说明书

本发明提供了源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，所述基因源于马里亚纳或雅浦深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3‑V4高变区；源于马里亚纳深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3‑V4高变区的基因序列如SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:30所示，源于雅浦深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3‑V4高变区的基因序列如SEQ ID NO:31至SEQ ID NO:60所示。本发明获取了马里亚纳和雅浦海沟8000m深渊钩虾‑H.gigas肠道共生菌的16S rDNA V3‑V4区的代表性核苷酸序列，以此确定了同一深度、不同地理位置的短脚双眼钩虾肠道微生物群落组成。

技术领域

本发明属于肠道微生物学领域，具体涉及在深海诱捕器辅助下，基于高通量测序技术，获得马里亚纳和雅浦8000m深渊钩虾-H.gigas的肠道共生菌的16S rDNA V3-V4区基因序列，用于比较马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌群落差异。

背景技术

超深渊区主要是指水深从6000m到11000m的区域，而该区域几乎是由一系列海沟组成的。而海沟的最显著特点是其极端的理化环境条件，包括V型截面结构的沟槽，相对隔离的地理位置，无光照，温度常年稳定在1～2℃，食物来源有限并数量较少，而且随着水深增加静水压力也线性上升。端足类动物是生活在深海的大型动物群之一，它们几乎在世界大洋中主要的海沟中都有被发现，其中物种H.gigas被发现广泛分布于所有西北太平洋海沟，包括马里亚纳海沟和雅浦海沟。

在人类和其他动物共生微生物方面已有研究表明，动物肠道菌群有助于维持肠道正常功能，包括抵御病原体、适应环境、消化复杂碳水化合物和产生次生代谢物，如维生素B2等。肠道共生菌在食物利用等方面的重要作用，对深渊钩虾Hirondellea gigas适应深海极端的理化环境尤其重要。但目前为止，对深渊钩虾Hirondellea gigas肠道共生菌的研究很少，仅有一篇2018年已发表的文章里对10000m深渊钩虾的宏基因组测序，也尚未出现比较不同海沟的8000m深渊钩虾Hirondellea gigas肠道共生菌群落结构的研究。而通过检测不同海沟的8000m深渊钩虾肠道共生菌结构，可以使得我们对深渊端足类与其肠道共生菌的关系的研究数据更为详实、结论也更为可信，更重要的是可以揭示相似环境、不同地理位置下的生物，其与体内肠道微生物是否具有相似的共生关系。因此本发明提供马里亚纳和雅浦海沟8000m深渊钩虾Hirondellea gigas的肠道共生菌16S rDNA V3-V4区序列，为更全面的肠道共生微生物研究提供基础，也帮助我们更好地理解深渊生物对极端环境的适应策略。

发明内容

针对以上现有技术的不足之处，本发明提供了源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因。

本发明采取的技术方案如下：

本发明公开了源于马里亚纳和雅浦深渊钩虾肠道共生菌的基因，所述基因源于马里亚纳或雅浦深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3-V4高变区；源于马里亚纳深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3-V4高变区的基因序列如SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:30所示，源于雅浦深渊钩虾肠道共生菌的16S rDNA V3-V4高变区的基因序列如SEQ ID NO:31至SEQ IDNO:60所示。

优选的，所述深渊为7500～8500m深渊。

优选的，所述钩虾为短脚双眼钩虾。

本发明还公开了所述基因的获取方法为：

(1)捕获马里亚纳和雅浦深渊钩虾，然后进行组织解剖，取出肠道组织；

(2)利用细菌通用引物对样品总DNA进行16S rRNA V3-V4高变区PCR扩增，扩增片段长度460bp；反应结束后，电泳检测扩增片段的大小和浓度，回收PCR产物；

(3)基因组建库和高通量测序；