[发明专利]与水稻耐盐性相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了与水稻耐盐性相关的SNP分子标记及其应用。本发明提供的SNP分子标记位于水稻第7号染色体第10,979,736位，多态性为A或G。该SNP分子标记与水稻在盐胁迫条件下的幼苗存活指数显著相关，该位点基因型为AA的水稻品种在盐胁迫条件下的耐盐性显著强于基因型为GG的水稻品种。本发明还依据该SNP位点设计了PCR引物，引物的核苷酸序列如序列1和序列2所示。本发明提供的与水稻耐盐性相关的SNP分子标记在自然群体验证结果表明该标记可以有效预测水稻苗期耐盐性，从而可用于水稻耐盐分子标记辅助育种。

技术领域

本发明涉及水稻育种和分子遗传学领域，具体涉及与水稻耐盐性相关的SNP分子标记及其应用，特别涉及水稻第7号染色体上的一个与水稻耐盐性状显著关联的SNP分子标记及其应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的三大粮食作物之一，是世界2/3人口的主要食物来源。随着全球气候的不断变化和全国耕地面积的不断减少，盐害已成为影响我国水稻高产、稳产的重要限制因素之一。全世界盐碱地的面积为9.54亿公顷，我国约为9900万公顷，其中潜在盐碱土1700万公顷。水稻属于中度盐敏感作物，当土壤中可溶性盐浓度达到0.3％时即表现出受害症状，最终导致植株死亡并显著减产。同时，在耕地资源日益趋紧的情况下，如果能培育并推广耐高盐的水稻新品种，使海边大面积不长植物的盐碱地和滩涂成为耕地，对保障粮食安全意义重大。为了克服盐害对水稻生产的不利影响同时扩大水稻的种植面积，培育和种植耐盐新品种是最经济、最环保、最有效的方式。因此，发掘水稻耐盐相关基因，开发与耐盐性状紧密相关的分子标记，对于培育耐盐新品种具有重要意义。

水稻种质资源是新基因挖掘和分子育种的资源基础，种质资源中蕴藏着丰富的遗传变异。事实上，不论是遗传育种还是生产中，仅仅是极少数资源得到有效利用，因此优异种质的发掘、优异基因及其分子标记的鉴定是育种取得突破性进展的关键。随着全基因组测序技术的发展，使在全基因组水平上比较不同种质资源基因变异成为可能，同时结合表型鉴定数据，利用连锁分析和关联分析(GWAS)等分析方法，可以高效发掘种质资源中蕴含的新基因和有利等位基因。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)主要是指由于单个核苷酸的变异而引起基因组水平上的DNA序列多态性，SNP在水稻基因组中的分布相当广泛，随着高通量测序技术的进步，SNP已经成为了新一代的分子标记。功能标记是根据功能基因内部引起表型性状变异的多态性基序开发出来的一种新型分子标记。由于来自基因内的功能性基序，此类标记不需要进一步验证就可以在不同的遗传背景下或者不同的水稻种质资源中确定目标等位基因的有无。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的方法。

本发明提供的鉴定或辅助鉴定水稻耐盐性的方法是检测待测水稻第7号染色体第10,979,736位的基因型是AA基因型还是GG基因型：AA基因型的待测水稻的耐盐性强于GG基因型的待测水稻；

所述AA基因型是水稻基因组第7号染色体第10,979,736位脱氧核糖核苷酸均为A的纯合体；所述GG基因型是水稻基因组第7号染色体第10,979,736位脱氧核糖核苷酸均为G的纯合体。

上述方法中，所述耐盐性为苗期耐盐性。

所述AA基因型的待测水稻的耐盐性强于GG基因型的待测水稻体现在AA基因型的待测水稻在盐胁迫下的幼苗存活率和/或幼苗存活指数高于GG基因型的待测水稻。所述盐胁迫具体为NaCl胁迫，所述NaCl的浓度具体为100mM。

所述幼苗存活率和所述幼苗存活指数的计算公式如下：

其中S10、S12、S15和S18分别代表在盐胁迫第10天、第12天、第15天和第18天后的幼苗存活率。