[发明专利]差异表达基因筛选方法及装置在审
申请号: | 201811551609.2 | 申请日: | 2018-12-18 |
公开(公告)号: | CN111341385A | 公开(公告)日: | 2020-06-26 |
发明(设计)人: | 罗依雯;殷鹏;朱木春;王伟任;张建业 | 申请(专利权)人: | 深圳先进技术研究院 |
主分类号: | G16B25/10 | 分类号: | G16B25/10 |
代理公司: | 深圳市科进知识产权代理事务所(普通合伙) 44316 | 代理人: | 吴乃壮 |
地址: | 518000 广东省深圳*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 差异 表达 基因 筛选 方法 装置 | ||
1.一种差异表达基因筛选方法,其特征在于,包括:
获取待筛选基因表达量;
对所述待筛选基因表达量进行初步筛选,得到初筛差异表达基因;
生成所述初筛差异表达基因对应的关联规则;
基于所述关联规则,从所述初筛差异表达基因中筛选差异表达基因。
2.根据权利要求1所述的差异表达基因筛选方法,其特征在于,对所述待筛选基因表达量进行初步筛选,得到初筛差异表达基因的步骤,包括:
获取所述待筛选基因表达量的表达矩阵、分组矩阵和差异比较矩阵;
根据所述表达矩阵、分组矩阵和差异比较矩阵进行差异表达基因分析,得到初筛差异表达基因。
3.根据权利要求1所述的差异表达基因筛选方法,其特征在于,生成所述初筛差异表达基因对应的关联规则的步骤包括:
根据所述初筛差异表达基因生成差异表达基因事务集;
根据所述差异表达基因事务集确定频繁项集;
根据所述频繁项集和所述基因事务集确定所述初筛差异表达基因对应的关联规则。
4.根据权利要求3所述的差异表达基因筛选方法,其特征在于,根据所述初筛差异表达基因生成差异表达基因事务集的步骤,包括:
获取所述初筛差异表达基因对应差异表达倍数FC划分强度类别;
基于所述初筛差异表达基因,根据所述强度类别,生成差异表达基因事务集。
5.根据权利要求3所述的差异表达基因筛选方法,其特征在于,基于所述关联规则,从所述初筛差异表达基因中筛选差异表达基因的步骤,包括:
根据所述事务集确定所述关联规则的支持度;
根据所述频繁项集确定所述关联规则的置信度;
根据所述支持度、置信度及相应的提升度,从所述初筛差异表达基因中筛选差异表达基因。
6.根据权利要求5所述的差异表达基因筛选方法,其特征在于,根据所述支持度、置信度及相应的提升度,从所述初筛差异表达基因中筛选差异表达基因的步骤,包括:
根据所述置信度比所述支持度确定所述提升度;
获取预设的提升度阈值;
利用所述提升度大于阈值的支持度和置信度在所述初筛差异表达基因中筛选差异表达基因。
7.一种差异表达基因筛选装置,其特征在于,包括:
获取模块,所述获取模块用于获取待筛选基因表达量;
初筛模块,所述初筛模块用于对所述待筛选基因表达量进行初步筛选,得到初筛差异表达基因;
生成模块,所述生成模块用于生成所述初筛差异表达基因对应的关联规则;
筛选模块,所述筛选模块基于所述关联规则,从所述初筛差异表达基因中筛选差异表达基因。
8.根据权利要求7所述的差异表达基因筛选装置,其特征在于,所述生成模块包括:
生成单元,所述生成单元根据所述初筛差异表达基因生成差异表达基因事务集;
第一确定单元,所述第一确定单元根据所述差异表达基因事务集确定频繁项集;
第二确定单元,所述第二确定单元根据所述频繁项集和所述基因事务集确定所述初筛差异表达基因对应的关联规则。
9.一种电子设备,包括存储器、处理器及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序,其特征在于,所述处理器执行所述计算机程序时实现上述权利要求1至6任一项所述的方法的步骤。
10.一种具有处理器可执行的非易失的程序代码的计算机可读介质,其特征在于,所述程序代码使所述处理器执行所述权利要求1-6任一所述方法。
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