[发明专利]检测FFPE样本氧化状态的方法及装置

说明书

本发明公开了一种检测FFPE样本氧化状态的方法及装置。其中，该方法包括以下步骤：S1，获取待检测FFPE样本的目的基因的序列信息；以及S2，对序列信息进行分析，筛选出体细胞位点变异信息，通过计算其中特定类型突变比例确定待检测FFPE样本的氧化状态。应用本发明的技术方案，基于测序数据进行样本氧化状态的判定，由于可以节省阳性参考品和阴性参考品，因此，节约了成本，并且具有高灵敏性和高特异性的特点。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体而言，涉及一种检测FFPE样本氧化状态的方法及装置。

背景技术

在肿瘤样本中，常常由于各种体细胞变异导致肿瘤的发生发展，准确地评估体细胞变异对于指导患者治疗具有重要的作用。然而，FFPE(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE，福尔马林固定石蜡包埋)肿瘤样本由于保存时间较长及条件有限等原因常常出现氧化，然而氧化也会导致碱基的变异，这种氧化导致的变异及体细胞变异不易区分，所以，使得人们无法准确评估FFPE样本的体细胞变异。因此，准确地判定FFPE样本氧化状态对于体细胞变异的检测具有重要的作用。

现有方法常常不会直接判定FFPE样本氧化状态，而是根据二代测序通用技术指导原则，在每个批次设计阳性参考品和阴性参考品。然而在真实的临床实践中，往往由于成本优先的考量，忽略了参考品的购买与设置，存在样本氧化状态不能够准确识别的风险。

因此，亟待解决无参考品的样本氧化检测存在的不能够准确识别的问题。

发明内容

本发明旨在提供一种检测FFPE样本氧化状态的方法及装置，以解决现有技术中无参考品的样本氧化检测存在的不能够准确识别的技术问题。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种检测FFPE样本氧化状态的方法。该方法包括以下步骤：S1，获取待检测FFPE样本的目的基因的序列信息；以及S2，对序列信息进行分析，筛选出体细胞位点变异信息，通过计算其中特定类型突变比例确定待检测FFPE样本的氧化状态。

进一步地，S1包括：通过目标区域捕获技术从DNA中获取目的基因的扩增产物，然后通过高通量测序方法得到序列信息。

进一步地，S2中筛选体细胞位点变异信息包括对重复区附近突变进行过滤。

进一步地，S2中筛选体细胞位点变异信息还包括对链偏好性位点及低频变异进行过滤。

进一步地，特定类型突变比例为胞嘧啶突变为胸腺嘧啶/鸟嘌呤突变为腺嘌呤。

进一步地，通过计算其中特定类型突变比例确定待检测FFPE样本的氧化状态包括：根据已知氧化状态的FFPE样本和未氧化的FFPE样本中胞嘧啶突变为胸腺嘧啶/鸟嘌呤突变为腺嘌呤的比例设定阈值；将待检测FFPE样本中胞嘧啶突变为胸腺嘧啶/鸟嘌呤突变为腺嘌呤的比例与阈值进行比较进而确定待检测FFPE样本的氧化状态。

进一步地，已知氧化状态的FFPE样本和未氧化的FFPE样本分别为多个样本。

进一步地，S1中对进行高通量测序后包括数据处理的步骤，数据处理的步骤包括：利用比对软件将高通量测序序列比对到参考基因上，未比对上的序列形成软截断，然后根据比对的位置进行排序，并用samtools软件建立index；使用VarScan软件输入比对后文件进行变异检出。

进一步地，利用BWA-mem比对软件将高通量测序序列比对到参考基因上。

根据本发明的另一方面，提供了一种检测FFPE样本氧化状态的装置。该装置用于储存或运行模块，或者模块为装置的组成部分；其中，模块为多个，模块用于执行上述任一种方法。

应用本发明的技术方案，基于测序数据进行样本氧化状态的判定，由于可以节省阳性参考品和阴性参考品，因此，节约了成本，并且具有高灵敏性和高特异性的特点。