[发明专利]一种基于STR计算混合样本嵌合比例的方法以及系统在审
申请号: | 201811633858.6 | 申请日: | 2018-12-29 |
公开(公告)号: | CN109988826A | 公开(公告)日: | 2019-07-09 |
发明(设计)人: | 洪燕;毛旭亮;玄兆伶;李大为;梁峻彬;陈重建 | 申请(专利权)人: | 安诺优达基因科技(北京)有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6851 | 分类号: | C12Q1/6851 |
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地址: | 100176 北京市大兴区经济技*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 嵌合 待测样品 混合样本 基因计算 基因 荧光 扩增 引物 | ||
1.一种基于短串联重复计算混合样本嵌合比例的方法,其包括:
基于短串联重复来判断待测样品是否存在样本嵌合;以及
在判断存在样本嵌合后,基于AMELOGENIN基因来计算待测样品的嵌合比例。
2.根据权利要求1所述的方法,其中,基于短串联重复来判断待测样品是否存在样本嵌合的步骤包括:
利用用于扩增所述短串联重复的带荧光的引物进行所述待测样品的PCR扩增,基于PCR扩增的结果来判断是否存在嵌合。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其中,基于短串联重复来计算待测样品的嵌合比例的步骤包括:
利用用于扩增所述AMELOGENIN基因的带荧光的引物进行所述待测样品的PCR扩增,从而获取针对所述待测样品的给定数据来计算所述待测样品的嵌合比例。
4.根据权利要求2或3所述的方法,其中,基于PCR扩增的结果来判断是否存在嵌合具体为:若同一基因座出现等位基因的数目为3个以上,则待测样品是两个以上个体的混合样本。
5.根据权利要求2或3所述的方法,其中,基于PCR扩增的结果来判断是否存在嵌合包括:
若同一基因座出现等位基因的数目为3、4,则待测样品是2个个体的混合样品;
若同一基因座出现等位基因的数目为5、6,则待测样品是3个个体的混合样品;
若同一基因座出现等位基因的数目大于6,则待测样品是3个或3个以上个体的混合样品。
6.根据权利要求3或4所述的方法,其中,所述给定数据为来自所述待测样品的通过PCR扩增得到的条带并通过毛细管电泳荧光定量法获得的电泳条带的峰面积之比。
7.根据权利要求1~6中任一项所述的方法,其还包括:
DNA提取及浓度控制,从待测样品获得来自待测样品的DNA,控制使提取的DNA的浓度在2ng/μL以上。
8.根据权利要求1~7中任一项所述的方法,其中,
所述短串联重复序列位点选自以下任意三个或三个以上:D21S11,D13S317,D8S1179,D18S51,D5S818,VWA,PENTA E,D7S820,TPOX,D3S1358,D16S539,FGA,TH01,CSFIPO和pentad。
9.根据权利要求1~7中任一项所述的方法,其还包括:制作标准曲线,制作一系列按照给定混合比例混合的标准品混合样品,利用用于扩增AMELOGENIN基因的带荧光的引物进行标准品混合样品的PCR扩增,并获取针对制备的标准品混合样品的给定数据来制作标准曲线;
计算结果,利用标准曲线以及所述待测样品的给定数据来计算所述待测样品的嵌合比例。
10.根据权利要求8所述的方法,其中,所述标准品混合样品是利用来自男性和女性的基因组DNA样品按照给定的比例进行混合来制作的。
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